Первым из насельников Ферапонтова монастыря, возведенным на епископскую кафедру, был один из образованнейших и авторитетнейших людей своего времени – игумен Филофей.
О его происхождении и начале монашеского пути сведений нет. Предположительно он был сверстником блаженного Галактиона и архиепископа Иоасафа (Оболенского); принял постриг в Ферапонтовом монастыре; четыре года в нем игуменствовал, начиная с 1467 года, а 2 ноября 1471 года рукоположен во епископы Пермские.
Пермская епархия входила в Московскую митрополию, первым ее епископом и просветителем был святитель Стефан (память 26 апреля), который положил прочное основание христианской веры среди язычников. О самом первом преемнике владыки Стефана сведений не сохранилось. Трое других – святители Герасим, Питирим, Иона – причтены к лику святых (общая память им празднуется 29 января). Преемником святителя Ионы стал епископ Филофей (1471 – 1501 годы).
В течение долгих тридцати лет владыка Филофей трудился на ниве Христовой, просвещая язычников и укрепляя православие среди диких народов. Он изучил зырянский язык, чтобы писать окружные послания пастве и быть понятым. Однако вполне достичь желанной цели не мог, так как священники ему содействовали мало.
Позже, после удаления епископа Филофея на покой, митрополит Московский Симон писал пермскому духовенству увещательное послание: «Многие новокрещеные люди, ваши духовные дети, смотря на вас, соблазняются и творят то же: едят и пьют в праздники до обеда, да и женятся незаконными браками в племени и совершают другие богомерзкие дела по древнему обычаю, а вы им накрепко того не возбраняете. И прежде неоднократно посылал вам о том свои грамоты епископ Пермский Филофей, поучая вас... но вы о всем этом небрегли».
Деятельность епископа Филофея выходила далеко за пределы Пермской епархии, она оказалась в центре общецерковных и общегосударственных событий. Одним из миротворческих деяний владыки было утишение княжеской усобицы между великим князем Иоанном III и его родными братьями князьями Андреем Большим и Борисом. Это произошло в 1480 году, когда татарский хан Ахмат с огромным войском двинулся на Русь, а король Казимир грозил войной, братья же с дружинами отправились в Литву. Великий князь для примирения с ними послал епископа Филофея и своего духовника – Ростовского архиепископа Вассиана (Рыло).
Вскоре епископ Филофей оказался посредником в переговорах между великим князем и сибирскими князьями, которых он убедил покориться Москве. В 1485 году был заключен мир между Русью и кодскими и югорскими князьями, последние обязались платить дань Москве.
Заслуги владыки Филофея были высоко оценены великим князем и митрополитом: они пожаловали от Московской митрополии Вологду, которая отошла к Пермской епархии. В Вологодско-Пермской летописи записано об этом: «Дал ему митрополит Зосима из своей митрополии на Вологде в городе и на посаде все свои церкви в городе и на посаде к Пермской епископьи впрок неподвижно со всеми церковными пошлинами». В том же году владыка Филофей переехал в Вологду, сделав затем ее своим постоянным местопребыванием, и стал именоваться епископом Пермским и Вологодским.
Особо значительными в конце XV века оказались вопросы о ереси, в решении которых владыка Филофей принял самое непосредственное участие. В 1470 году от Новгорода возникла и распространилась так называемая «ересь жидовствующих», о чем уже упоминалось выше. Лжеучение широко распространялось в разных слоях общества, сопровождаясь надругательствами и кощунством над христианской верой и святынями. Среди еретиков были и высокопоставленные светские и духовные лица.
Совместными многолетними трудами таких выдающихся иерархов, как святитель Геннадий, преподобные Иосиф Волоцкий и Нил Сорский, борьба с ересью увенчалась победой православия. Но далась она нелегко и принесла много скорбей самим подвижникам. Из трех Соборов на еретиков (1488, 1490, 1504 годы) епископ Филофей принимал участие в первых двух, наиболее важных. В январе 1488 года архиепископ Геннадий, не будучи приглашен в Москву, обратился к епископам Суздальскому Нифонту и Пермскому Филофею с просьбой позаботиться о рассмотрении иерархами «того дела». Собор осудил преступников, и их подвергли «градской казни» – били кнутом на торгу. Собор 1490 года выявил саму ересь, назвав ее, а Собор 1504 года окончательно ее низложил, но смута, посеянная еретиками, принесла много вреда православным.
Одним из поводов для извращения догматов о Страшном суде и Втором пришествии Христовом было распространение слухов о конце мира, ожидавшемся в 1492 году, то есть в год 7000-й от сотворения мира.
В сентябре 1491 года Архиерейский Собор Русской Церкви в Москве постановил написать Пасхалию «на осьмую тысячу лет». Митрополит Зосима поручил епископу Филофею Пермскому и архиепископу Геннадию Новгородскому составить каждому свою Пасхалию для соборного свидетельствования и утверждения 21 декабря 1492 года. Владыка Геннадий составил пасхальные числа на 70 лет восьмой тысячи и написал «коловратный ключ пасхальный» на 532 года, при котором и далее можно находить пасхальное число года. Он разослал пастве вместе с Пасхалией окружное послание со словами: «Не кончины мира страшиться подобает, но ждать пришествие Христово на всякое время». Еретическим прельщениям о исчислении сроков святитель противопоставил освященный Церковью путь постоянного духовного трезвения.
В апреле 1501 года епископ Филофей удалился на покой в Кирилло-Белозерский монастырь. 2 октября 1508 года он преставился. Похоронен владыка, по свидетельству церковного писателя А.Н. Муравьева, там, где был пострижен, – в Ферапонтовом монастыре, но где именно, неизвестно.
В житии преподобного Мартиниана приведен один из примеров прозорливости блаженного Галактиона: некий брат впал в уныние и хотел уйти из обители. Блаженный, сев на пороге кельи, сказал ему: «Что это, брат, ты умыслил? Врага слушаешь! Нельзя избежать от волнений его. Если и от нас убежишь, его сетей и лукавства не сможешь избежать нигде».
Списатель жития уточняет, что тот брат, о котором идет речь, «старец ныне, более 30 лет держа игуменство», но столь долгого игуменства в Ферапонтовом монастыре (по сохранившемуся списку игуменов) не держал никто в XV веке. Тот факт, что в рассказе не названо имя брата, одолеваемого унынием, говорит о том, что брат этот вел в дальнейшем достойнейшую жизнь и, возможно, имел более высокий сан, чем игумен монастыря. Таковое могло относиться только к двум иерархам того времени, которые начинали и заканчивали жизненный путь в Ферапонтовом монастыре, – архиепископу Иоасафу и епископу Филофею. Судя по всему, рассказ относится к началу иноческого пути владыки Филофея. При этом он назвал увещавшего его блаженного Галактиона «учитель мой».