С рубежа 1928-1929 годов начинают быстро нарастать в отношении Церкви гонения и репрессии. Происходит существенное изменение курса политики по отношению к религиозным организациям в СССР. Период относительно спокойных контактов с ними сменился длительной полосой нетерпимого отношения к Церкви. Это было связано, по мнению историков-религиоведов, с принятием общего курса руководящей группы ЦК ВКП (б) во главе с Генеральным секретарем И.В. Сталиным на свертывание нэпа, обострение классовых отношений в городе и деревне. В период ликвидации нэпманов, кулачества власти обрушились на Церковь, усматривая в ней инструмент эксплуататорских классов, сохранителя старого. Борьба на антирелигиозном фронте считалась одним из видов борьбы, которую «ведет труд против капитала». Именно в этот период появляется Постановление ВЦИК и СНК РСФСР от 8 апреля 1929 года «О религиозных объединениях», который ужесточил механизмы регулирования и контроля за религиозными организациями, сузил возможности и границы их деятельности. Вся их жизнь ставилась под контроль государства, запрещалась разного рода общественная деятельность. С 1928 года в СССР начала осуществляться массовая ликвидация приходских храмов силовым порядком, в том числе и обновленческих. Но на периферии все эти законы начали осуществляться чуть позже70 (70 Зыбковец В.Ф. Безбожники и социалистическая перестройка деревни. М., 1930; Шишкин А.А. Сущность и критическая оценка «обновленческого раскола» русской православной церкви. Казань, 1970; Регельсон Л. Трагедия Русской Церкви 1917-1945. Париж, 1977; Алексеев В.А. «Православная оппозиция» и борьба с религией // Агитатор. 1989. №5; Его же. Цели разные, участь общая // Агитатор. 1989. №21; Поспеловский Д.В. Русская Православная Церковь в ХХ веке. М., 1995; Шкаровский М.В. Петербургская епархия в годы гонений и утрат 1917-1945. СПб., 1995; Его же. Обновленческое движение в Русской Православной Церкви ХХ века. СПб., 1999).
Общины были обложены тяжкими налогами, а служители культа ограничены в гражданских правах. Церкви в нормативно-правовых актах, трактовались как доходные предприятия несущие поэтому высокое страховое обложение, облагающиеся сельскохозяйственными налогами и всевозможными обязательными сборами (на тракторизацию, индустриализацию, покупку займов и т.д.). За все это приходилось платить членам религиозной общины, которые за неуплату отвечали собственным имуществом и личностью. Кроме того, духовенство приравнивалось к кулакам и облагалось усиленными налогами, а за неуплату теряло все имущество. Заявления о регистрации общин не принимались местными властями, а прокуратура вообще отказывала им в защите прав. Закрывались церкви по желанию неверующей части населения.
В Череповце первой под ударом оказалась Сретенская Леушинская церковь, постановление о закрытии которой президиум Череповецкого окрисполкома принял 10 ноября 1929 года. Последнее собрание членов общины состоялось 29 декабря 1929 года. На нем присутствовало 227 человек. Собрание нашло, что церковная деятельность проходила в напряженной обстановке, но вполне нормально и с пользой для церковного дела. Вновь был назначен новый викарный епископ Череповецкий Нифонт (Фомин), сменивший епископа Тихона. Поводом для закрытия послужили наказы от граждан города, т.е. неверующей части населения, данные во время предвыборной кампании в Советы, проводившейся в 1928-1929 годах. Граждане требовали закрыть одну или две церкви в Череповце. Поскольку община Сретенской церкви была самой активной в городе, то о необходимости ее закрытия и передаче под пионерский клуб говорили все. Под нажимом властей Сретенская община «от пользования церковью отказалась». Взамен общине предоставили находившийся в аварийном состоянии Троице-Сергиевский собор и дали возможность перенести туда культовое имущество. Череповецкому горсовету была выдана рекомендация - при приспособлении здания Сретенской церкви обязательно снести колокольню и снять со здания все купола. Община на основании инструкции НКВД подлежала перерегистрации с переименованием ее в «православную религиозную общину верующих при Троицком кафедральном соборе г. Череповца». По неизвестным причинам дело с закрытием Сретенской церкви затянулось до мая 1929 года. Президиум Череповецкого горсовета поручает ОГПУ и адмотделу ускорить работу по закрытию Сретенской церкви и постановляет: «Просить РК ВКП (б) дать директиву Союзу безбожников и фракциям фабзавкомов и месткомов проработать вопрос по линии профсоюзов»71 (71 ЧЦХД. Ф. 20. Оп. 1. Д. 58. Л. 6, 23).
К концу 1920-х годов значительно расширились репрессии против клириков и епископата патриаршей Церкви. Многие епископские кафедры остались без возглавления и окормления, как это случилось в Череповце. Проводились широко конфискации церковного имущества, что вызывало справедливое возмущение прихожан. При этом власти требовали от своих местных структур осуществлять жесткий подход к «сергиевцам» (такой термин применялся в официальных документах с 1927 года по отношению к духовенству и верующим патриаршей Церкви) и более мягкий подход к обновленцам. На краткое время влияние последних на местах, даже усиливается но за счет внутренних расколов, раздиравших патриаршую Церковь.