Изучена флора и характер зарастания 22 мелководных участков Рыбинского водохранилища в пределах Вологодской области, из которых 14 являются заливными мелководьями, 5 – открытыми мелководными участками, 3 – заостровными мелководьями.
Изученная флора представлена 36 семействами, 70 родами и 103 таксонами видового ранга. Одним видом представлены плауны, 3 видами – хвощи и 99 таксонами – цветковые растения; харовые водоросли и мохообразные нами не учитывались. Наибольшим разнообразием отличаются семейства: Роасеае – 17 видов, Сурегасеае – 14 видов и 1 гибрид из рода Сагех, Potamogetonaceae – 6 видов и 2 гибрида, Salicaceae – 4 вида и 2 гибрида, Asteraceae и Polygonaceae – по 4 вида. В эти 6 семейств входит 52% всех таксонов видового ранга, отмеченных на изученных мелководных участках. Гибридогенных таксонов по флоре мелководных участков изучаемой территории отмечено немного – всего 5%. По частоте встречаемости только 24 вида (23%) флоры макрофитов мелководий могут считаться достаточно распространёнными. Среди них можно выделить часто и очень часто встречаемые виды, отмеченные более чем на 50% исследуемых участков, и группу умеренно встречаемых, отмеченных на 10-50% участков. Прочие 79 видов и гибридов макрофитов (77%) в исследуемых районах встречаются не часто либо редко. Экологический спектр рассматриваемой флоры на 58% (59 видов) состоит из гигрофитов и заходящих в воду береговых гигромезо- и мезофитов. Остальные 42% (44 вида) – макрофиты, традиционно относящиеся к водным растениям (17 гидрофитов, 12 гелофитов и 14 гигрогелофитов).
Изученные нами участки отличаются своими эколого-морфологическими параметрами (площадью, глубиной, формой, характером донных отложений, проточностью воды, подверженностью действия ветров), поэтому процессы зарастания протекают в них по-разному.
Мелководья, расположенные, как правило, на правой стороне Шекснинского плёса Рыбинского водохранилища, характеризуются высокой степенью зарастания. Наиболее интенсивное зарастание нами отмечено в заливах с илистым дном и его пологими склонами, что связано со снижением ветрового и волнового воздействия. Основную роль здесь играют двукисточник тростниковидный Phalaroides arundinacea (L.) Rausch., жерушник земноводный Rorippa amphibia (L.) Bess., осока острая Carex acuta L., осока пузырчатая С. vesicaria L., полевица побегообразующая Agrostis stolonifera L., манник большой Glyceria maxima (C. Hartm.) Holmb., горец земноводный Persicaria amphibia (L.) S. F. Gray, рдест злаковый Pota-mogeton gramineus L., ряска малая Lemna minor L.
На заостровных мелководьях, защищённых от волнобоя, также наблюдаются благоприятные условия для развития водной растительности. Здесь лидирующее положение в сложении растительного покрова принадлежит горцу земноводному, стрелолисту обыкновенному Sagittaria sagittifolia L., камышу озёрному Scirpus lacustris L., тростнику южному Phragmites australis (Cav.)Trin. ex Steud., сусаку зонтичному Butomus umbellatus L., осоке острой.
На открытых участках Шекснинского плёса зарастание литорали идёт слабо или совсем отсутствует. Распределение растительности, представленной небольшими пятнами зарослей горца земноводного, частухи подорожниковой Alisma plantago-aquatica L., манника большого, манника наплывающего Glyceria fluitans (L.) R. Br., полевицы побегообразующей, ситняга болотного Eleocharis palustris (L.) Roem. et Schult., двукисточника тростниковидного, стрелолиста обыкновенного здесь фрагментарное. Сильное волнение способствует разрушению береговой зоны и оказывает непосредственное отрицательное действие на растительность.
В целом на мелководьях Шекснинского плёса наиболее развита воздушно-водная растительность. Вдоль прибрежий тянутся заросли Phragmites australis, Glyceria maxima, Sagittaria sagittifolia, Carex acuta. На открытых пространствах водной поверхности обильно разрастается Rorippa amphibia и Persicaria amphibia. Что касается последнего, то группировки этого вида с плавающими на поверхности воды листьями занимают значительные площади на Шекснинском плёсе Рыбинского водохранилища. Сообщества горца земноводного можно встретить по заливам и узким протокам, особенно обширные заросли образует на мелководьях среди островов. Реже из группы растений с плавающими на поверхности воды листьями встречается Potamogeton natans L. В то же время в мелководной зоне Шекснинского плёса отсутствуют такие обычные водные растения, как кубышка Nuphar ssp., кувшинка Nymphaea ssp., телорез Stratiotes aloides L.; сравнительно редко нами отмечался камыш озёрный.