Окраска растений естественная, определяется присутствием в их органах разных пигментов. Наиболее распространена зелёная О. р., связанная с хлорофиллом, при участии которого (как и ряда ферментов) растения осуществляют фотосинтез. Жёлтая, красная, синяя и др. окраски цветков и плодов, обусловленные антоцианами, которые растворены в клеточном соке, и каротиноидами, сосредоточенными в пластидах — хромопластах, способствуют привлечению насекомых, опыляющих цветки, а также птиц, распространяющих плоды и семена. Различная окраска водорослей — результат их приспособления к обитанию на разных глубинах в условиях неодинакового светового режима. Так, водоросли (зелёные, синезелёные), обитающие у поверхности или в неглубоких водоёмах, имеют зелёную или синюю окраску (благодаря наличию пигментов хлорофилла и фикоциана). Водоросли, обитающие на больших глубинах, обычно окрашены в красные и бурые тона вследствие присутствия пигментов фикоэритрина (красные водоросли), фукоксантина (бурые водоросли) и др. Окраска некоторых грибов обусловлена пигментами рибофлавином, хризогенином и др. У большинства бактерий и грибов, а также в виде исключения у высших растений (альбиносы или растения-паразиты — заразиха, повилика) окраска может отсутствовать.