Первое каменное сооружение Архиерейского дома – палаты Казенного приказа – возведено в 1659 г. (илл. 15). Это двухэтажное здание с мезонином расположено рядом с колокольней, внутри ограды, справа от нынешнего входа. В нижнем, подклетном этаже палат прежде находились ледники и погреба, в верхнем, основном – два больших, разделенных сенями помещения, занятые «кельей казенной приказной» и «кельей казначейской». В мезонине хранились казна и важные документы. 
В основе плановой композиции палат лежит простейшая схема, типичная для народного деревянного зодчества: два объединенных сенями помещения. Влияние деревянных построек чувствуется и в их объемном построении. Оригинальной формы мезонин, не встречающийся в палатных сооружениях Древней Руси, явно навеян завершавшими хоромы традиционными вышками-повалушами. Живописность зданию придавало также существовавшее изначально в центре фасада крыльцо «на два схода», крытое «бочкой с чешуей», которое вело прямо на второй этаж. Очень большая толщина стен нижнего этажа (до 1,75 м) вызывает предположение о более раннем возникновении (в начале XVII в.) этой части памятника. В целом же архитектура Казенного приказа проста и строга; в ней нет еще того пышного узорочья, которое процветает в эти годы в Москве и лишь позднее появится на Севере. Широкие гладкие лопатки на углах объема, простые поэтажные карнизы и два обрамленных валиком арочных дверных проема глухого нижнего яруса составляют основное украшение фасадов. Большие окна второго этажа, словно врезанные в толщу массивной стены, вообще лишены наличников. 
Выразителен интерьер палат Казенного приказа с хорошо сохранившимися сомкнутыми сводами и эффектными распалубками над оконными и дверными проемами. Палаты предназначались не только для служебных целей; в них устраивались и торжественные приемы, о чем говорит декоративная орнаментальная роспись начала XVIII в. в Судной палате. Роспись состоит из характерных для народного искусства крупных цветов в вазонах и стилизованных трав, исполненных в свободной кистевой манере, с маху, от руки, без предварительного разграфления. Особенно хороши смело изогнутые стебли с розовыми, сине-зелеными и красноватыми цветами и длинными зелеными листьями (илл. 16), а также цветочные побеги, заключенные в своеобразные сердечники. Эта чуть грубоватая роспись исполнена, вероятно, местными вологодскими мастерами, прошедшими выучку у приезжих художников-стенописцев. Она напоминает о богато украшенных церковных и светских интерьерах XVII в., расписанных мастерами орнаменталистами-травниками. 
О других деталях оформления интерьера «казенных келий» можно судить на основании описи 1663 г. В ней подробно перечисляются иконы и описываются предметы внутреннего убранства: «Завес крашеный, травчатый. Заслон железный, печной, стол большой, на ногах доска дубовая, скамья с решеткой, рукомой медный с покрышкой». 
В таком интерьере могла находиться и расписная мебель, вроде поставца XVII в., хранящегося в Вологодском музее. Он относится к типу «шкафов с уступом». Это целое архитектурное сооружение, состоящее из двух частей (илл. 26), – нижняя, выступая вперед, образует перед верхней своеобразную полку. Витые колонки верхней части поддерживают четко профилированный архитрав. Дверки с деталями сложного рельефа обогащают пластику шкафа, а роспись в виде стилизованных растительных мотивов и различных животных и птиц (лев, цапля), выдержанная в красновато-белой гамме по темному фону, придает ему красочность и нарядность. Особенно удались мастеру две фигуры, изображенные на внутренних сторонах верхних дверок. Слева – мужчина, пьющий из сосуда, а справа – женщина с простертыми вперед руками, как бы приглашающая отведать яства, хранящиеся в шкафу. Так, в несколько наивной, но не лишенной юмора и лукавства форме художник подчеркнул назначение изделия. 
Архитектура Казенного приказа свидетельствует о тенденциях, получивших весьма широкое распространение во второй половине XVII в. в строительстве палат и хором, особенно на периферии Русского государства. С одной стороны, они выражаются в стремлении внешне подчеркнуть крепостной характер здания, а с другой – придать пышность и декоративность его интерьеру.