Второе по древности здание на этом дворе есть большой трехэтажный корпус с крестовой церковью, строенный между 1667 и 1670 годами преосвященным Симоном. Первоначально в этом здании были жилые кельи вологодских архиереев: в этих кельях царь Петр Великий, во время проезда через Вологду в Архангельск, дважды имел в 1693 и 1702 годах обеденный стол у тогдашнего вологодского архиепископа Гавриила.