Вологодский мужской, третьеклассный Свято-Духов монастырь основан в первой половине ХVII столетия, на местe молитвенных подвигов и мученической кончины старца Галактиона. Первоначально обитель и носила название Галактионовой пустыни и только со времени построения соборной церкви во имя Св. Духа стала называться монастырем Свято-Духовым. Преподобный Галактион, в мире Гавриил, происходил из знаменитого боярского рода князей Бельских и был потомком литовского князя Ольгерда. Родился он в Москве в 1535 г. от боярина Ивана Феодоровича Бельского. Отец его, по проискам враждебной ему партии князей Шуйских, в 1542 г. был схвачен, сослан на Белоозеро и там убит. Тогда малолетний Гавриил должен был, скрывая свое звание, поселиться сначала в Старице, а потом в Вологде. Здесь он нашел для себя приют у одного башмачника, изучив ремесло которого – он находил ceбе таким образом средства для пропитания. 
Некоторое время спустя он женился здесь на одной простой посадской девушке, а по смерти ее, дождавшись, когда подросла его дочь, постригся в монахи. 
На подаренной ему городом земле он выкопал себе колодезь, построил келью, обсадил деревьями, окопал прудом и стал подвизаться в богоугодной жизни затворника. Для большего умерщвления плоти он приковал себя к потолку келии на короткую цепь, дозволявшую ему лишь в коленопреклоненном положении предаваться тем немногим минутам сна, которые он дозволял себе после дненощных трудов. 
Подвиги Преподобного скоро стали известны жителям города и снискали ему всеобщую любовь и уважение. Преподобный никогда не выходил из своей кельи за исключением двух случаев: в первый раз – чтобы помолиться о ниспослании дождя, а во второй – чтобы предупредить градоправителей об угрожающей городу опасности от поляков и литовцев. В последнем случае, для отвращения праведного гнева Божия, он советовал жителям выстроить близ своей кельи обыденный храм во имя Знамения Пр. Богородицы. Речь пр. Галактиона быть может и произвела бы надлежащее действие, если бы некий Нечай Щелкунов, земский голова, не заподозрил Преподобного в своекорыстии. "Для своей пользы хлопочет старец, – говорил он, – ему хочется чтобы миром построили ему церковь и пустыню, а когда он помрет, та церковь запустеет и нам только убыток будет". Святой на это ответил: "Не о себе я забочусь, а о гражданах города. Жаль мне народа и храмов Божиих: не тот храм запустел бы, о постройке которого я говорил вам, а ваш (Щелкунов), тот разорится и травой порастет, дом твой тоже будет разрушен, и никто не будет жить тут от твоего рода; на моем же месте воздвигнутся обитель и храмы Божии". Многим из жителей, приходившим узнать о своей участи, Преподобный предсказал или гибель или спасение в недалеком будущем и всех призывал к покаянию и молитве. Грозное предсказание угодника Божия скоро исполнилось. 
В ночь на 22 сентября 1612 года поляки, литовцы и черкесы с казаками внезапно напали на Вологду. "Город взяли и людей посекли и церкви Божии поругали и город и посады выжгли до основания". Печальной участи прежде всего подверглись церкви св. Димитрия Прилуцкого (ныне Николы на Сенной), и дом и церковь Щелкунова во имя Пр. Троицы (как и предсказал Преподобный); князь Григорий Долгорукий – градской воевода и дьяк Истома Карташев были убиты; архиепископ Сильвестр четыре ночи провел в плену. Не укрылась от глаз злодеев и скромная келья затворника Галактиона. Преследуя дочь Преподобного, разбойники открыли убежище последнего и, не найдя в нем девицы, успевшей скрыться, напали на самого пр. Галактиона, влачили его по земле, жестоко били и требовали, чтобы он выдал им дочь. Один удар по голов едва не лишил Преподобного жизни. Старец терпеливо переносил страдания, вознося молитву Богу о спасении своей души. Но на третий день, 24 сентября, на 77 году от рождения он скончался. 
Рассеянные врагами жители Вологды, услышав скорбную весть, во множестве собрались к убогому месту упокоения Преподобного и с честью предали земле его многострадальное тело. Земля ничего не дала усопшему: она только приняла его бренные мощи. Слава и почести боярского звания не выпали на долю страдальца; детство и то не дало ему веселых воспоминаний; счастье семейной жизни тоже было кратковременно и, наконец, тихая и убогая жизнь отшельника и та не спасла его от злобы людской. Лишь на небе получил препод. Галактион достойное воздаяние. Почитая память затворника, народ не переставал после его смерти ходить на его могилу для молитвы, и многие явно ощущали на себе его благодатную помощь. 
В 1627 г. над этой могилой уже была построена часовня, и близь нее поселились три старца. Самое место называлось пустынкою (писц. кн.). Не много позднее, по общему желанию горожан, благословением apxиeп. вологодского Варлаама на месте подвигов пр. Галактиона было собрано братство и воздвигнут деревянный храм во имя Знамения Пр. Богородицы. Тогда же написано и сказание о жизни и чудесах угодника. В 1669 году игумен монастыря Сергий с братиею и со 111-ю других людей просили у патриарха Иоасафа об освидетельствовании мощей Преподобного и о дозволении петь ему вместо панихид молебны. Преемник Иоасафа Питирим в 1673 году разрешил просимое, но что было далее – неизвестно. 
Попытки освидетельствовать мощи пр. Галактиона, как видно из сохранившихся документов, были и в последующие времена. Так преосвящ. Гавриил, apxиeп. вологодский и белоозерский, в 1697 году уже докопался до гроба и нашел его вполне сохранившимся. Об этом свидетельствует сочинитель службы Преподобному, некий Иван Слободской, – очевидец события. От времени патр. Адриана тоже сохранилась грамота о свидетельствовании мощей пр. Галактиона и Герасима вологодских. В настоящее время мощи пр. Галактиона покоятся под спудом в теплой двухэтажной каменной церкви Знамения Пр. Богородицы, построенной в 1861-1867 годах. Над мощами воздвигнута медная, серебряная рака с таким же балдахином. Параман, железная шапка и вериги Преподобного висят близ раки. 
Напротив, у правого придела, помещается такая же другая рака, сделанная для останков св. благоверного князя Иоасафа Каменского. Мощи последнего после пожара в Каменном монастыре на Кубенском озере, в 1774 году, по указу Свят. Синода, были перенесены в Вологодский Духов монастырь, получивший после этого название Спасо-каменного Духова. Здесь они стояли за правым клиросом в соборной холодной церкви Св. Духа (построенной тщанием царя Алексея Михайловича в 1654 году) до 27 ноября 1867 г., когда были торжественно перенесены в новую Знаменскую церковь и помещены в упомянутой раке. 
В 1892 г., 6 декабря, мощи св. благоверного князя Иоасафа, во исполнение указа Свят. Синода от 10 ноября, были снова перенесены обратно на Каменный остров, и монастырь стал называться Свято-Духовым. Над кладязем пр. Галактиона в 1868 году построена красивая каменная осьмиугольная шатровая, с девятью куполами, часовня. Каменная стена (408 саж.) с угловыми круглыми башнями, построена в 1800 году. Колокольня при холодной церкви пристроена в 1810-11 годах. Настоятельский корпус недавно перестроен заново (1872-84 г.). 
Для братии и прислужников близ св. врат имеются два одноэтажных небольших корпуса. В малом проходе св. врат устроена часовня. Все здания монастыря (кроме бани) каменные и крыты железом. Настоятельство-архимандритское (с 1789 г.). 
Во владении монастыря имеются 7 сенокосных дач, мукомольная водяная мельница и рыбная ловля.