Церковь Иоанна Богослова была одной из интереснейших по иконописи и памятникам древности, хранившихся в ней, хотя по наружному виду мало привлекательна. Год ее основания, как и большинства вологодских церквей, неизвестен. Дата ее перестройки из деревянной в каменную во многих источниках называется по-разному. Наиболее вероятным считается 1744 год.
Церковь Иоанна Богослова. Точная дата постройки неизвестна. Сохранилась частично. Расположена на ул. Маяковского
Писатель Г.К. Лукомский в своей книге «Вологда в ея старине», вышедшей в 1914 году в Санкт-Петербурге, пишет: «На краю города стоит эта невзрачная церковь, состоящая из обычного немного неуклюжего четверика, покрытого куполом с одной главкою и колокольни поздне-ампирного характера... но в этом-то невзрачном, безличном снаружи храме, осматривать который внутри не всякий и сочтет нужным, хранятся сокровища...
Вероятно, еще не так давно многие храмы были также убраны, обставлены, буквально засыпаны чудесными иконостасами, киотами, аналоями, увешаны прекрасными паникадилами. Все меньше остается таких храмов-музеев и лишь на окраине города или где-нибудь в «пустыне», в топях, мало доступных... сохранились такие памятники...»
Далее Лукомский задает вопрос: «Каким образом здесь уцелели эти чудесные иконы самого начала XYII века? Или в прежние времена таких икон было вдоволь?».
Вот как описывает Лукомский одну из икон: «... Следующая (за поворотом) – замечательная икона архистратига Михаила, изображающая славного юношу с развевающимися крыльями и с мечом в руке. Облака кучатся у его ног. Костюм выполнен блестяще: рисунок ткани, складки, завитки, бусинки изображены с поражающей тщательностью. Подкладка плаща покрыта орнаментальным звездообразным рисунком.
Икона прекрасно реставрирована – при старосте Беляновском художником Чириковым. При этом фон, записанный прежде, был открыт и теперь восхитительно мерцает его позолота. Серо-голубая, ярко-красная и желтая краски переливаются и дают сочетание редкой красоты.
На иконе надпись: «писал сию икону в 1687 году изуграф Григорий Агеев...». В притворе интересна икона Иоанна Богослова, хороши иконы в рядах праздников, святителей – все на фоне красных тонов. Эти огненно-красные тона вместе с основным голубым тоном иконостаса и золотом наружных частей его – создают картину удивительной прелести...».
Храм сохранился частично. Расположен на ул. Маяковского.