Церковь Иоанна Предтечи была построена в 1710-1717 годах на нижнем посаде Вологды, сейчас здесь – площадь Революции.
Внутри церковь украшена фресками, выполненными ярославскими мастерами около 1717 года. По мнению искусствоведов, роспись Рощенской церкви выполняла бригада ярославских мастеров во главе со «знаменщиком» Федором Игнатьевым – одним из ближайших помощников знаменитого ярославского изографа Дмитрия Плеханова, расписавшего Софийский собор города Вологды.
Росписи храма пронизаны необычайно радостным, жизнеутверждающим мироощущением. На фоне фантастического пейзажа среди изображений ярких цветов, летающих птиц, пышных дворцовых сооружений полнокровной жизнью живут персонажи фресок. Создается ощущение движения: одежды всадников развеваются, скачут кони, пляшет Саломея во фреске «Пир Ирода». Шумно и беспокойно решаются и остальные сцены росписи церкви. Нет традиционного «Страшного суда». Вместо него на западной стене представлены сюжеты из Ветхого Завета и Апокалипсиса.
В 1856 году фрески были реставрированы («обновлены»), и тогда были введены несвойственные стенной росписи того времени кричащие тона – яркая синька и режущее глаза золото. К счастью, графический рисунок, а в части фресок также и цветовая гамма остались нетронутыми, что позволило при реставрации в XX веке вернуть фрескам первоначальный вид.
В 1924 году церковь была закрыта для богослужения и передана Вологодскому музею. Храм входил в число наиболее ценных памятников города, что позволило сохранить уникальные росписи.
Фрагментарно древняя живопись храма была освобождена от записей в 1971-1976 годах группой вологодских художников-реставраторов под руководством кандидата искусствоведения А. А. Рыбакова. В 1987-1988 годах работы по консервации нижних регистров продолжили реставраторы межобластной реставрационной мастерской, предложившие новую методику укрепления живописи. В результате этого было приостановлено катастрофическое разрушение, укреплены красочный слой и грунт, выявилось авторское цветовое решение, приемы работы средневековых художников.
Сейчас церковь Иоанна Предтечи включена в состав памятников, находящихся под охраной государства.