Близ старого Устюга, за рекою Сухоною, в селе Пухове, у благочестивых и зажиточных поселян Саввы и Марии родился сын Иоанн. С юных лет он отличался строгою жизнью. По средам и пятницам не ел ничего, а в прочие дни довольствовался хлебом и водою. Однажды мать спросила его, к чему он постится в таких годах. «Чтобы избавиться от грехов,– отвечал юноша Иоанн. – Без греха никто, кроме Бога: не станем питать плоти, чтобы она не стала врагом нашим». Когда родители переселились в город Орлец, на реке Юге, за 30 верст от Устюга, и отец здесь умер, мать постриглась под именем Наталии в Троицком Орлецком монастыре. Отрок Иоанн был при ней, по-прежнему молчаливый. Потом он начал юродствовать, и мать оставила его на волю Божию. Иоанн возвратился на родину в Великий Устюг и поселился близ Успенской церкви в хижине, построенной для него набожным Андреем Мишневым. Здесь ночи он проводил в молитвах, а днем юродствовал, бегал по улицам полуобнаженный с одним лишь рубищем, которым был препоясан, избирая пристанищем иногда гноище, по примеру праведного Иова и великого подвижника Устюжского Прокопия юродивого, которому подражал. Не давал себе ни малейшего покоя ни днем, ни ночью, постоянно подвергался разного рода насмешкам, побоям и брани от людей, не понимавших жития его,– все это переносил он с истинным смирением.

Блаженный Иоанн скрывал свою домашнюю жизнь от глаз человеческих, опасаясь известности людской, иногда пагубной для души, но все-таки укрыться от других не мог. В соборной церкви набожный священник Григорий пожелал узнать, что делает по ночам в своей хижине блаженный Иоанн. С этой целью священник смотрел сквозь щель из другой комнаты на блаженного Иоанна. Осмотревшись и не видя никого в комнате, блаженный Иоанн стал молиться с воздетыми к небу руками за творящих неправду,– так молился он не один час. Окончив молитву, стал мешать уголья в печке; тогда была зима жестокая; потом, оградив себя крестным знамением, со словами «знаменася на нас свет лица Твоего, Господи», лег на раскаленные уголья. Священник, испуганный мыслью, не испекся бы Иоанн, вошел в комнату, блаженный вышел из печи и, грозно посмотрев на пытливого, сказал: «Не смей никому говорить о том до моей смерти». Священник дал слово исполнить волю его с точностью.

Жена устюжского наместника князя Феодора Красного, княгиня Мария, была больна жестокой горячкой и послала слугу к блаженному Иоанну с просьбою помолиться за нее. Не успел еще посланный подойти к гноищу, на котором сидел Иоанн, как вдруг блаженный воскликнул: «Здравствуй, добрый князь Феодор с княгинею своею». Слуга по возвращении нашел княгиню уже здоровою.

Блаженный Иоанн скончался 29 мая 1494 года и погребен близ соборного храма, близ которого и подвизался. Празднование ему установлено на Соборе 1547 года (11 июня по новому стилю). Мощи его почивают под спудом в церкви Происхождения Честных Древ, построенной на месте погребения блаженного. В «Иконописном подлиннике» значится: «Иоанн юродивый, Устюжский чудотворец, подобием молод, борода только расти начала, в наусии; волосы просты, риза на нем разодранное рубище, исчерна бело, и свилася по нем; плечо голо, также и ребра голы и ноги, выше коленей». Служба блаженного Иоанна написана при царе Иоанне Васильевиче Грозном Феофаном в Устюге «с молитвами за Устюг и царя». В 1610 году писали, что, услышав о победе царского войска над Сапегою, под Дмитровом, они «воздали славу Богу в Троице славимому и Устюжским чудотворцам Прокопию и Иоанну». В 1613 году устюжане молитвами устюжских чудотворцев не только защищали город свой от поляков, но и разбили их.