Память его празднуется 21 мая в день мученической гибели.

Прп. Агапит был иноком Сольвычегодского монастыря. Во время его тяжкой болезни ему явился святитель Николай, исцелил его и повелел ему основать в селе Маркушеве (около г. Тотьмы) обитель. Преподобный исполнил это повеление, соорудил в обители две церкви во имя святителя Николая и блаженного Прокопия Устюжского и поехал в Москву за разрешением освятить эти церкви. Митрополит дал ему благословение, а царь пожаловал землю для постройки мельницы. Но 21 мая 1584 г. он был убит разбойниками около этой мельницы, а тело его бросили в реку. Братия нашли его и погребли между обеими церквами и на могиле его воздвигли часовню и положили в ней его вериги. В приходской церкви села Маркушева, бывшей монастырской, хранилось житие прп. Агапита и описание чудес от иконы святителя Николая.

Святой был иноком Борисоглебского монастыря в Сольвычегодске (в 25 верстах от Котласа, ныне это город в Котласском р-не Архангельской обл.).
Место для явленной преподобному иконы свт. Николая, впоследствии названной Великорецкой, было определено чудным образом. Три раза святой устраивал часовню для нее, но на другой день находил ее на берегу р. Маркуши, на том указанном свыше месте прп. Агапит возвел часовню для святыни (ныне в Тотемском р-не Вологодской обл. (Вологодская епархия).