По сведениям Новгородского губернского статистического комитета за 1861 год, в Устюжне проживало 390 лиц духовного звания. В городе было 13 православных храмов.
По данным 1844 года, в Устюженском уезде были зарегистрированы всего 64 старообрядца и 649 лиц других вероисповеданий. Безусловно, что именно православное духовенство, его быт и нравы играли решающую роль в духовно-нравственном состоянии населения Устюжны.
Один из путешественников, посещавший Устюженский уезд в 1860-е годы, указывал, что, несмотря на малочисленность жителей, церкви уездного города хорошо содержатся и положение церковнослужителей достаточно обеспечено, а это, в свою очередь, «доказывает набожность граждан и дает хорошее понятие об их доброй нравственности». Так или иначе, церковные постройки, большинство из которых каменные, беленые, многие с золочеными куполами, были главным украшением города, а священнослужители – весьма влиятельными и почитаемыми людьми.
Большим авторитетом в Устюжне конца XIX века пользовался настоятель устюженского собора протоиерей Иван Васильевич Казанский. Казанский занимался не только выполнением своих непосредственных обязанностей. Он преподавал Закон Божий в местной женской гимназии, издал брошюру Е. Поливина «Монастыри и церкви в Устюжне Железопольской» (1906 год), активно занимался общественной и благотворительной деятельностью.
Хорошо было знакомо устюжанам имя благочинного 2-го округа Устюженского уезда, священника Белокрестской церкви Григория Дмитриевича Яковцевского. Яковцевский, кроме прочего, активно занимался краеведческой работой. Так, в 1896-1897 гг. он изучил ряд семейных архивов устюжан, выявив большое количество ценных документов по истории края XVII-XVIII вв. (купчих, челобитных и др.). Держа связь с российской Археографической комиссией, Яковцевский переслал туда эти ценнейшие материалы (22 документа), чем способствовал их сохранению и изучению различными специалистами. Им же был выявлен и представлен к опубликованию любопытнейший документ по истории Смутного времени – список со «Сказания... о житии преподобного старца Ефросина» (Синозерского).
Деятельность церкви в Устюжне и уезде контролировалась духовным правлением, которое подчинялось Новгородской духовной консистории. Духовное правление следило за сбором и расходом церковных денег, правилами богослужения в храмах, строго блюло нравственность как прихожан, так и священнослужителей. Например, 14 июня 1856 года члены правления рассматривали вопрос о поведении священника Григория Веницкого, который обвинялся в грубости с прихожанами. По делу Веницкого была назначена особая следственная комиссия. Священник вынужден был давать объяснения.
В 1857 году разбиралось другое скандальное дело. В Духовное правление поступил донос о том, что на каком-то застолье священник Пятницкого Колоденского погоста Семен Милонравов ударил устюженского мещанина столяра Павла Лодыгина. Правление отреагировало быстро. Были вызваны свидетели, которых попросили подтвердить под присягой «был ли тогда священник Милонравов пьян и ударил ли Милонравов по носу того Лодыгина кулаком так, что якобы оттого потекла у него, Лодыгина, кровь, и разорвал ли священник Милонравов у него же Лодыгина рубашку». После расследования выяснилось, что дрался все-таки подвыпивший столяр. Милонравов был оправдан, а на Лодыгина подали жалобу в присутственное место.
В том случае, если та или иная провинность священнослужителя была доказана, он подвергался различным наказаниям – от денежных штрафов до заключения в кельях Моденского монастыря. Вина священника записывалась в его послужной список, что впоследствии могло повлиять на его дальнейшую церковную карьеру. «Снять» запись по провинности было сложно. Например, известен случай, когда в 1857 году священник городской Свято-духовской (Успенской) церкви Александр Охонский обращался и в правление, и в консисторию с просьбой простить ему какую-то провинность, занесенную в послужной список. Священнику не только было отказано в этом, но с него еще и взыскали в уездную казну 90 копеек серебром за гербовую бумагу, которую пришлось потратить уездному правлению на переписку с новгородской консисторией по его делу.
Священнослужители обязаны были испрашивать у Духовного правления соизволения на браки, на постройку личных домов (на собственные средства), на обучение детей и др. С другой стороны, именно Духовное правление оказывало помощь и поддержку священнослужителям уезда – организовывало сбор средств в пользу бедных лиц духовного звания, заботилось о воспитании детей умерших священников и дьяконов, направляло молодых людей в духовные учебные заведения, выделяло денежные пособия попадьям-вдовам и прочее.
Духовенство, по своему призванию, блюло нравственность устюжан многих поколений. Страшным наказанием для верующих была церковная епитимья. На языке церковных канонов епитимья обозначала добровольное исполнение верующими тех или иных наказов духовника за какой-либо грех. Это могла быть продолжительная молитва, усиленный пост, а также, при более тяжких проступках, отказ в причастии на определенное время, от исповеди и т. д. Например, известно, что 21 августа 1859 года устюженское духовное правление рассматривало вопрос о наложении семилетней епитимьи за блуд на крестьянку Настасью Петрову, которой в течение срока епитимьи запрещено было даже менять место жительства. Другой пример. На заседании правления от 7 апреля 1861 года говорилось о наложении епитимьи на крестьянина д. Ястребцево Андрея Галкина за покушение на самоубийство.
Епитимьи накладывались за многие провинности, в т. ч. и за те, которые с точки зрения полицейских органов преступлениями не считались. Например, при несчастных случаях, именуемых «неумышленным убийством» или «за небытии на исповеди и у святого причастия».
Однако деятельность церкви по воспитанию населения одними наказаниями не ограничивалась. Кроме ежедневной непосредственной службы духовенство занималось преподаванием в церковно-приходских школах (помимо преподавания Закона Божия во всех учебных заведениях), общественной работой. Примером последней может служить создание в 1913 году «Устюженского соединенного Братства Трезвости» при Богородице-Рождественском соборе». Членами-учредителями братства стали священники-настоятели семи из тринадцати городских храмов (собора, Воскресенской, Преполовенской, Сретенской, Свято-Духовской, Христо-Рождественской, и Троицкой церквей). Центром и сосредоточением деятельности братства стал Богородице-Рождественский собор.
Братство организовывало поучения и беседы о вреде пьянства, распространяло среди населения листовки и брошюры соответствующего содержания. В залах городской думы устраивались вечера и концерты с чтением докладов и рефератов. Организовывались паломничества трезвенников по святым местам. Одним из средств борьбы с пьянством являлось то, что вступающий в братство давал обещание не употреблять спиртных напитков, либо перед соборной чудотворной Смоленской иконой Богоматери, либо перед какими-то святынями в других храмах. Членами братства могли быть лица обоего пола и любого сословия.
Местное духовенство организовывало сборы средств в пользу неимущих и больных, в пользу лиц, погибших при исполнении служебных обязанностей, на строительство храмов и школ. Священнослужители входили в состав различных общественных комитетов и организаций.