В 1738 году в Великом Устюге была открыта семинария, в нее вошли две школы: славяно-российская и славяно-латинская. В них обучалось 94 человека.
Основателем семинарии стал устюжский епископ Лука Конашевич.
Школы содержались на средства от сборов с церквей и монастырей «...1/30, 1/2 частей «приполонного» (сверх рассеянного) хлеба», который ежегодно везли в казенный приказ старосты.
В классы семинарии принимали мальчиков разного возраста от 8 до 16 лет, семинария брала на себя расходы по содержанию учеников.
Чему учили в семинарии? В славяно-российской школе изучали азбуку, часослов, псалтырь, обучали письму. Изучению живого русского языка мало уделялось внимания – латинский язык считался фундаментом всех знаний (в XVIII веке латинский язык сыграл большую роль в истории культуры). Поэтому в классах славяно-латинской школы учили в основном владеть латинским языком.
В «фаре» (так назывался младший класс) учили читать и писать по-латыни; в «инфиме» изучали латинскую грамматику, в «синтаксиме» знакомились с латинским синтаксисом, упражнялись в переводах с латинского на русский. В классе «пиитики» изучали формы поэтической и риторической речи, упражнялись в искусстве «плести вирши». В классе «риторики», высшем классе Устюжской семинарии, учились писать ораторские речи на все случаи жизни. Изучались риторические особенности в речах Цицерона (Марк Туллий Цицерон – римский политический деятель, оратор и писатель, живший в 1 веке до н. э.).
Учителями семинарии в 40-80-е годы были служители православного культа: настоятель Архангельского монастыря Арсений, знавший несколько языков: латинский, греческий, французский, еврейский, Семен Кринов, окончивший Московскую славяно-греко-латинскую академию (был учителем риторики, философии). Даниил Протопопов. Иоанн Костямин («определен в учительскую должность из учеников семинарии»).
В 70-80-е годы XVIII века появлялись в семинарии классы богословия, философии, а в 1784 году был открыт для желающих класс греческого языка, в нем обучалось 26 человек.
Семинария в то время была единственным учебным заведением в Великом Устюге и «являлась центром умственной жизни города».
В 1784 году число учащихся семинарии достигло 292, из них на содержании семинарии 26. Трудно давалась наука ученикам тех лет, большинство учеников задерживалось в низших классах, только меньшая часть достигала высших. Некоторые ученики не выдерживали «по неимению себе пропитания и за неприсылкою денег от отца», пускались в бега. Их возвращали, наказывали, иногда заковывали в «ножные железа».
В 1788 году в связи со слиянием церковно-административных территориальных единиц (епархий) Устюжская семинария была закрыта. Ученики, желающие закончить курс наук, должны были явиться в Вологодскую семинарию.
Позднее, в 1789 году, была открыта частная школа с платным обучением.
Из Вологодской семинарии писали: «Ученик в Устюжской школе производится непорядочно, а потому и ученики являются при экзаменах, здесь им чинимых (в Вологодской семинарии), мало успешными в учебных предметах». Упорядочилось ли учение в Устюжской школе, сведений нет.
В 1806 г. было открыто духовное училище.