Развитие семеноводства в современных условиях в значительной степени зависит от обеспечения отрасли собственными семенами. 
Недостаток собственных семян сдерживает расширение посевных площадей льна-долгунца, что отрицательно сказывается на производство льнопродукции.
В последние годы в области сложилось неблагополучное положение с семеноводством льна-долгунца. Обеспеченность посевов собственными семенами составляет только тридцать - сорок процентов. Недостаток собственных семян на посев 2000 года составил тысячу тонн, а на посев 2001 года недостает восемьсот тонн льносемян. Завоз такого количества льносемян требует больших денежных затрат, что негативно сказывается на рентабельности отрасли. Кроме того, завозные семена не адаптированы к нашим почвенно-климатическим условиям, поэтому дают более низкую продуктивность льна по отношению к районированным сортам.
Для решения этой проблемы нужно правильно организовать семеноводство на всех стадиях - в первичном семеноводстве, на льно-семеноводческих станциях и в семеноводческих хозяйствах.
Важную роль в семеноводстве льна-долгунца должны играть льносемстанции. Они должны решать вопросы сортосмены и сортообновления. Сейчас эти станции утратили свои функции и стали в лучшем случае пунктами очистки семян.
Проводилось плановое сортообновление семян льна-долгунца в товарных посевах.
С 1996 года и до настоящего времени система семеноводства льна-долгунца практически не работает. Первичное семеноводство (производство маточной элиты 1 года) выполняет свои функции. Однако дальнейшее размножение исходных семян дает сбой. В 1996 году льносемстанции заготовили только 100 тонн семян, а с 1997 по 2000 год семена льна не заготовлялись. Не выполняют свои функции по семеноводству льна-долгунца и элитно-семеноводческие хозяйства. Излишки этих семян они реализуют по своему усмотрению, а не согласно системе семеноводства. Базовые по производству элитных семян льна-долгунца Шекснинский и Грязовецкий районы значительно сократили семеноводческие посевы.
В чем же причина такого положения в семеноводстве льна-долгунца?
Во-первых, это связано с общим кризисом в сельскохозяйственном производстве. Производство льнопродукции по причине ряда субъективных факторов оказалось убыточным, что привело к резкому сокращению посевных площадей.
Во-вторых, семеноводческие хозяйства не заинтересованы в производстве льносемян, так как дотируется только льнотреста, и закупочные цены на льносемена очень низкие.
В-третьих, в последние годы в льносеющих хозяйствах резко сократилось внесение под лен минеральных удобрений, средств защиты растений от болезней и сорняков из-за дороговизны. Недостаток питательных веществ в почве и отсутствие химических мер борьбы с сорняками - основная причина низкой урожайности и низкого качества льнопродукции.
В-четвертых, сюда нужно отнести и устаревшую материально-техническую базу льноводства. Особенно тяжелое положение с обновлением техники для возделывания льна сложилось в первичном семеноводстве. Все посевные и уборочные сельхозмашины полностью амортизировались и требуют замены. Уже в прошлом году были трудности с проведением уборочных работ, что отрицательно сказалось на количестве и качестве полученных семян.
Для решения задачи ежегодного обеспечения льносеющих хозяйств собственными семенами нужна государственная поддержка всех звеньев семеноводства льна-долгунца. Необходима поддержка первичного семеноводства, льносемстанции и льносеменоводческих хозяйств, которые пока не утратили опыт получения высоких урожаев качественных льносемян.