Микронуклеус (от микро... и лат. nucleus — ядро), меньшее (генеративное) ядро у инфузорий. М. обычно диплоиден, делится путём митоза; при половом процессе у инфузорий — конъюгации — вступает в мейоз и даёт начало половым ядрам — т. н. пронуклеусам. В вегетативном периоде генетический аппарат М. неактивен, не синтезирует рибонуклеиновую кислоту и на фенотип инфузорий не влияет.