Время и повод ее основания неизвестны; самое древнее указание на нее относится к 1618 г. В конце 17 в. церковь была деревянной и состояла из трех здании: церкви во имя Иоанна Предтечи, колокольни и церкви во имя св. Алексия (почему и называлась Алексеевскою) митрополита Московского. 26 мая 1698 г. церковь св. Алексия сгорела, а колокольня во время пожара была срублена. Закладка каменной церкви во имя Иоанна Предтечи, с приделом св. Алексия, состоялась 23 мая 1710 г. Когда закончена и освящена церковь, неизвестно.
* Рощеньем в старину называлась местность между церквами Иоанна Предтечи и св. Кирилла Белозерского.
Вид ее очень напоминает Покровскую церковь. Такой же восьмерик, перекрытый изогнутым куполом с одной главой. Но здесь лучше детали наличников, а грани восьмерика не заполнены ненужной и посредственной живописью, как на ц. Покрова.
В 1717 г. церковь была украшена фресками (на "клейме" не сохранились имена художников), поновленными в 1859 году.
Содержание росписей следующее: в алтаре - на своде 9 изображений, олицетворяющих молитву Господню, на стенах, между окнами, более 30 ликов Святых; в самом храме (сверху вниз): 12 изобр. - Символ Веры, 26 - события и чудеса земной жизни Христа, 12 - мучения и смерть 12-ти Апостолов, 20 - жизнь Иоанна Предтечи; на южной и северной стенах 25 изображений акафиста Пресвятой Богородицы, на западной стене изображения из Ветхого Завета, "Песни Песней" и Апокалипсиса. В амбразурах окон и дверей и в других местах насчитывается более 60 изображений Святых.
Пятиярусный иконостас, по предположению, современен построению храма. В 1863 г. его иконы были возобновлены с наложением позолоты. В теплой церкви два престола - Св. Алексия и Св. Иннокентия Иркутского (устроен в 1832 г. и увеличен в 1860 г. с южной стороны на 3 сажени) с иконостасами середины XIX века.
До 1865 г. колокольня была шатровая, выс. 8 сажен, в этом же году усердием (!) прихожанина Леденцова она была разобрана и надстроена до высоты в 17 1/2 сажен. Несмотря на позднее время возведения, колокольня - ампирных форм. Ограда с башнями довольно приятных пропорций, построена была в 1851 году.
В сенях храма - старинные чугунные плиты, в совокупности своей составляющая хороший рисунок.
Как и в Покровской церкви, роспись покрывает все стены холодной церкви.
Но краски этих фресок значительно отличаются от рассмотренных в церкви Покрова на Козлене.
В 1856 году фрески были реставрированы ("обновлены") и появились тогда тона, несвойственные росписи начала XVIII века; недавним подновлением усилена была яркость красок: синька и золото явились теперь кричащими, не характерными, тонами. Коричневый также взят был слишком интенсивно. Но сохранилась графка, и можно установить точный рисунок сюжетов. В нижнем ряду успели предотвратить от поновления часть фресок (ремонт, видимо, был начат сверху), и здесь нет этой резкой гаммы.
Сохранилась также старая роспись в нишах окон.
О сюжетах росписи холодной Иоанно-Предтеченской церкви трудно говорить вкратце: на протяжении нескольких страниц можно было бы рассказывать интереснейшую историю этих изображений, о сюжетах, о характере приема живописи, и о своеобразной трактовке их.
В сводах (парусных) - праотцы в круглых медальонах, под ними ряды картин: вот отрубающий голову Иоанну Предтече; как сильно размахнулся он. Страдание Христовы. Светлые одеяния согбенных фигур прекрасно выделяются на темном фоне.
Вот пир у Ирода. Вот трубачи - и трубя они, видно, напрягают все дыхание, чтобы издать более громкие звуки. Вот святые - и на земле, по которой они ступают, растут цветы - богатейшая флора - огромные махровые чашечки, колокольчики, розаны, цветы-плоды, мясистые фантастические тюльпаны, изогнувшиеся под тяжестью своих ярких, напоенных лепестков.
Вот лес фантастический - скалы, поросшие кустарником, летают стаи птиц, присели тихо кролики, выступают важно, изящно олени.
По поводу этих фресок, равно как в соборе и церкви Покрова, приведем мнение Игоря Грабаря в 22 вып. Истории Искусств.
"Мы видим здесь типично Ярославское понимание декоративной живописи, со всеми, присущими Ярославлю достоинствами и недостатками. Никаких особых, местных уклонений от выработанных там приемов здесь не встречается. К сожалению, этот прекрасный памятник Ярославского искусства почти совершенно погублен злополучными "поновлениями", и только в алтаре сохранилось несколько нетронутых фресок, в числе которых радует глаз своими радужными цветами "Пир у Ирода". Очаровательна здесь дочь Иродиады, стоящая спереди налево и пляшущая "русскую".
"В других, более поздних церквах Вологды, сохранились росписи, в которых заметны некоторые местные черты,- по крайней мере они не встречаются ни в одном из известных нам северных циклов, за исключением разве Устюжских.
Такие черты мы видим в церкви Иоанна Предтечи, что в Рощенье, расписанной в 1717 году. Это не столько живопись, сколько графика, искание игры черного и 6елого, а не красочных отношений, - света, а не цвета. Вместе с тем вся эта роспись один из чудеснейших лубков, созданных русским искусством.
Художник, украсивший эти церкви, обладал той драгоценной и поистине завидной отвагой, которая позволяла ему не смущаться самыми головоломными положениями и задачами, и он выходил из них победителем.
Все действующие лица его фресок так же бесконечно отважны, как он сам: не стоят, а движутся, не идут, а 6егут, скачут, кувыркаются. Роспись в церкви Покрова в Козлене несколько напоминает фрески церкви в Рощенье и местами прямо чувствуется одна рука. Напротив того, росписи церкви Дмитрия Чудотворца что на Наволоке, не носят следов местной школы и выдержаны в обычном типе поздних Ярославских и Костромских церквей".
В теплой церкви в бесстильном и безвкусном иконостасе находятся, однако, замечательные иконы - Иоанна Предтечи и Николая Чудотворца - иконы старинного письма, может быть XVI века. Прекрасны лики святых. Икона Иоанна Предтечи в чудной ризе Елизаветинского времени. Хороша и икона Тихвинской Божией Матери и особенно Смоленской Богоматери в пышном, шитом бисером, окладе. В ризнице церкви - хорошие иконы в Елизаветинских окладах и курьезная икона итальянской школы.