На месте нынешней приходской церкви во имя Св. пророка Илии, что в Каменье или в Горах в средине XVI века был мужской монастырь.
Год основания монастыря точно не известен, но о нем сохранились сведения от времени Иоанна Грозного.
Уцелела царская грамота, в которой назначается для обители штат из игумена и 23 монашествующих "а окладу положено игумену 8 четвертей ржи и овса и 2 пуда соли, братии по 4 четверти ржи и овса и по пуду соли в год на человека". Сверх того было пожаловано несколько дворцовых пожен со взносом оброка.
Этот маленький монастырь находился в самом 6едственном положении до 1610 года, когда некто торговый человек Кондратий Акишев принялся за устроение обители. Но едва он успел отстроить монастырь, как в 1613 году в сентябре месяце на Вологду напали литовцы и обратили ее в развалины; той же участи подвергся и монастырь. Старая теплая церковь во имя св. Варлаама Хутынского была сожжена, новая холодная во имя пророка Илии уцелела; но обе церкви лишились утвари, все имущество было разграблено, монахи перебиты, келии сожжены... Кондратий Акишев вновь отстроил монастырь и обнес его деревянной оградой.
Деревянная холодная церковь во имя пророка Илии просуществовала почти девяносто лет, пока совершенно не обветшала.
В 1698 году она заменена каменной, дошедшей до нас; монастырь просуществовал до 1738 года, (когда в нем остался один игумен без братии) затем был упразднен, а церковь обращена в приходскую.
Прозвание Ильинского монастыря, - "что на Каменье" связано с именем царя Ивана Грозного.
На месте Ильинского монастыря при Иване Грозном было навалено множество известкового камня, из которого царь замышлял построить каменную стену вокруг города Вологды, когда намеревался поселиться тут и основать столицу.
Камень постепенно от собственнего веса (?) ушел в землю, появились повсюду постройки, окончательно скрывшие царскую затею. Только в прозвании церкви Илии пророка да в случайных глыбах, открываемых до сих пор в местностях от Ильинской церкви до Владимирской сохранилось о ней напоминание.
Замечательна и очень привлекательна в архитектурном отношении эта маленькая церковь.
На зеленой лужайке, окруженной маленькими убогими серыми домиками и развесистыми деревьями, стоит 6елый кубический храмик, покрытый простой крышей, на которой всего одна скромная главка - куполок ее сочный, большой, синий; закомары поверху стен и простая пятигранная абсида - вот и вся архитектура церкви.
Но, однако, облик ее очень характерен для времени (1698 г.), и она своею пропорциональностью и скромностью производит большее впечатление, нежели мнoгиe другие храмы, залепленные орнаментами.
Иконостас (четырехярусный) устроен во второй половине XVIII века. На каждом тябле резные деревянные колонки, украшенные резными ветвями и плодами. Вообще этот барочный иконостас сделан хорошо; рисунок колонок затейливый и изящный. Из икон следует указать на Воскресение Господне. Икона эта неоднократно поновлялась.
Она разделяется вертикальной полосой на две половинки; последние разделены на разной величины квадраты; в середине правой половинки изображено сошествие Спасителя во ад; вокруг четырехугольника в 50 малых квадратах вписаны различные события из евангельской истории; на левой половинке изображено древо "корень Иессеев" (предки Иисуса Христа); в девяти меньших квадратах - двунадесятые праздники. Внизу крупной вязью написано:
"Лета 7076 (1568) при благоверном царе Великом князе Иване Васильевиче всея Руси и при архиерейском митрополите Филиппе и при епископе иосифе Пермском и Вологодском написана бысть сия икона Воскресения Господа Бога Спаса Нашего Иисуса Христа; написал cию икону раб Божий Дмитрев сын Гринков и поставил в дом Св. пророка Илии и преподобного отца Варлаама Новгородского чудотворца".
Из икон в этом иконостасе следует еще упомянуть: о находящейся по правую сторону от царских врат и называемой в старых церковных описях иконой Преполовения праздника Господня, и о храмовой иконе Св. пророка Илии.