Местность, где расположена Ильинская церковь, зовется Горы или Каменье. По преданью, здесь во времена Грозного были сложены большие груды известкового белого камня на пространстве от берега реки до Владимирской церкви. Камень назначался для постройки каменной стены вокруг города. Оставленный без употребления в дело, он мало помалу от собственной тяжести ушел в землю и только по местам виднеется из нее. По застройке площади частными домами много камня было извлечено домовладельцами и употреблено на собственные нужды или продано на известь.
Время основания монастыря в XVI веке. В 1610 г. он существовал, но был беден. Много сделал для него некто торговец Акишев, особенно после разорения литовцами в 1612 году. Акишев обновил перед тем построенный им же холодный храм и построил новую Варлаамовскую церковь, келии, ограду; прикупил земли; подарил лавки, анбары; завел водоходное судно и т. д. Со времен Грозного монастырь получал оклад и имел на оброке пожни. В 1646 г. эти пожни были утверждены за монастырем навечно. С 1699 года монастырь был оставлен на своем содержании, число братии уменьшилось, а к 1738 году остался один игумен, и церковь была обращена в приходскую.
Фото
нач. XX века
// Б.И. Дунаев. Северно-русское гражданское и
церковное зодчество.
Город Вологда. - М., 1914.
Нынешняя холодная церковь строена в 1698 году вместо деревянной. В иконостасе достойны внимания иконы: Преполовения, храмовая пр. Ильи, и многосложная с Сошествием во ад, писанная в 1568 г. Дионисием Гринковым.
В 22 саж. от Ильинской церкви стоит каменная теплая Варлаамовская, построенная на месте прежней (Акишевской) иждивением прихожанина купца Узденникова.
Здание очень изящно, формою фонаря оно отличается от всех прочих церковных зданий города.
В этом храме достойны внимания живописные картины, будто бы академической кисти, - дар Узденникова. Всех картин восемь. На них изображены: Св. Семейство, Богоматерь, Положение во гроб Христа, Плачущий Пётр, Праведн. Ной, Б. М. в облаках, окруженная сонмом младенцев (избиенных Иродом). В архиве хранятся семь царских грамот древних и несколько других документов, относ. к ист. храма.