В настоящее время наблюдается депрессия популяций ерша, вследствие ухудшений для него условий обитания и воспроизводства в водоёмах разного типа, включая крупные и малые озёра, водохранилища, реки, водоём-охладитель. В крупных озёрах области уловы ерша резко сократились: в оз. Белом и Воже до 2-3% от общего вылова, а в Кубенском 10%, даже при специализированном промысле. Ранее ёрш в этих водоёмах был одним из основных промысловых видов; в 1930-1970 гг. его доля составляла более трети и достигала половины уловов. Неуклонное снижение численности ерша подтверждают и данные исследовательских траловых уловов, ежегодно проводимых по всей акватории озёр. Следует подчеркнуть, что до 1980-х г. популяции ерша, несмотря на резкие колебания численности из-за интенсивного промысла или в случае массовой гибели (в оз. Воже в 1950-е г.), быстро восстанавливались, благодаря особенностям биологии, короткому жизненному циклу. Последнее важное преимущество поддерживало высокую численность популяции ерша до тех тор, пока токсикологическое, органическое загрязнение и эвтрофирование этих мелководных озёр не достигло определённого уровня. Для ерша, как придонного, оксифильного вида, предпочитающего для нереста песчано-галечные грунты, неблагоприятно наблюдаемое ухудшение газового режима с дефицитом кислорода в придонных слоях, интенсивное заиление озёр, накопление в грунтах токсикантов. В свою очередь, на фоне неблагоприятных абиотических условий снизился уровень развития зообентоса, что уменьшило пищевую обеспеченность ерша – типичного бентофага. Кроме того, популяция ерша испытывает значительный пресс хищников. Угнетение популяций ерша, который занимает важное место в системе пищевых отношений, оказывает значительное влияние на перестройку структуры рыбного населения в целом. Необходимо также отметить, что применяемый для изъятия ерша «мутниковый» способ лова стал небезопасен при высокой степени загрязнения грунтов токсикантами, когда взмучивание донных отложений вызывает вторичное загрязнение водоёмов.
Заметное уменьшение численности ерша произошло в Шекснинском ВДХ и Череповецком отроге Рыбинского ВДХ, где имеются участки с остротоксичными грунтами, заморные зоны и в придонных слоях присутствуют сероводород и метан.
Наблюдается быстрое вытеснение ерша из состава рыбного населения тех малых озёр области, которые интенсивно заиливаются при эвтрофировании или зарастают и дистрофируются. Во многих малых озёрах ёрш за 20-летний период из разряда многочисленного и обычного вида перешёл в разряд редкого.
Ёрш потерял промысловое значение и перестал входить в число основных видов ихтиоценоза рек области, которые использовались для сплава древесины, интенсивного судоходства и сброса сточных вод в течение нескольких десятилетий. Ерш резко снизил по сравнению с другими видами свою численность на загрязнённых участках рек, при проведении на них гидромеханизированных работ. Много ерша гибнет в водозаборных сооружениях. В целом, в реках доля ерша в общей ихтиомассе не превышает 1 %.
Таким образом, ухудшение условий обитания и воспроизводства ерша, биотопически связанного с грунтами, и угнетение его популяции является показателем хронического долговременного загрязнения водоёмов. В этом плане ёрш служит хорошим видом-индикатором для мониторинга и установления уровня антропогенного воздействия.