В сеть особо охраняемых территорий Вологодской области входят пять гидрологических заказников, к которым относятся озера северо-западного района, покрытого карстом в восточной части Вепсовской возвышенности Мегорской гряды. Некоторые уникальные по гидрологическому режиму озера являются «периодически исчезающими», что определяется не только общими климатическими факторами, но и особенностями циркуляции карстовых вод. Влияние последних приводит к тому, что в отдельные годы происходит резкое изменение глубины и площади озер, вплоть до полного их исчезновения с последующим заполнением котловины водою. Это накладывает существенный отпечаток на условия обитания ихтиофауны. Понижение уровня воды влечет за собой ухудшение условий обитания рыбы, а при уходе воды гибель рыб. Отмечено, что при «восстановлении» озер состав ихтиофауны не всегда остается прежним. Ретроспективные материалы экспедиций ВГПИ 1969-1971 гг. и наши исследования (2002 г.) позволили провести сравнительный анализ изменения состава рыбного населения четырех карстовых озер. Это Шимозеро (S – 7.6 км2, ср. глубина – 2.9 м), соединяющее с ним протокой Грязноозеро (S – 1.4 км2, ср. глубина – 3.3 м), Куштозеро (S – 17.0 км2, ср. глубина – 2.8 м), Ундозеро (S – 2.3 км2, ср. глубина – 2.3 м).
В настоящее время ихтиофауна озер представлена десятью видами: плотва, окунь, щука, лещ, язь, карась, ерш, уклейка, елец, налим. Ранее в Шимозере отмечался угорь, а в Куштозере – лещ, популяция которого не восстановилась после «исчезновения» данного озера в конце 1930-х гг. Следует отметить, что в Ивачевском (не карстовом) озере, соединяющимся с Куштозером небольшой речкой, в составе ихтиофауны доминирует именно этот вид.
Обитающие в указанных озерах рыбы относятся к четырем семействам: по числу видов преобладают карповые – шесть видов, сем. окуневые включает два вида, и по одному виду рыб относятся к сем. щуковые и налимовые. Доминируют окунь (36% от уловов) и плотва (25%). К субдоминантам относятся лещ (9%) и ерш (7%). В меньшем количестве встречались уклейка (4%) и щука (3%), а в единичных экземплярах – карась, елец, налим и язь. Наиболее разнообразно рыбное население в Шимозере, где отмечены семь видов. Исследованные озера имеют сходный состав ихтиофауны и близкие показатели численности отдельных видов рыб. Так, во всех водоемах по численности преобладали окунь и плотва, что является основанием классификации водоемов как окунево-плотвичных. Эти виды нетребовательны к условиям обитания и отличаются пластичностью питания. Плотва имеет смешанный характер питания, а эврибионтность окуня связана с возможностью занимать различные ниши в определенный период развития. Ценные виды рыб – лещ и щука немногочисленны и дают небольшую долю рыбной продукции.
Известно, что видовое разнообразие больше в тех водоемах, где площадь, глубина и минерализация выше. Однако в исследуемых водоемах подобная прямая корреляция не прослеживается. Так, в наибольшем по площади Куштозере в составе ихтиоценоза отмечены пять видов, а в Шимозере, меньшем по площади в 2.5 раза обитают семь видов рыб. Полученные данные подтверждают уникальность изучаемой группы озер, по сравнению с обычными водоемами Вологодской обл. Следовательно, изучение популяционных и видовых характеристик рыбного населения имеет не только теоретический, но и практический интерес. Последнее связано с тем, что в настоящее время произошло значительное увеличение любительского и лицензионного лова с высокой селективностью по отношению к крупным и хищным рыбам. Это неизбежно приведет к дальнейшему сдвигу структуры рыбного населения в сторону мелких и малоценных рыб, особенно на фоне ускорения процессов эвтрофирования малых озер.