Для улучшения охраны природы области (площадь 145700 км кв.) создана сеть особо охраняемых природных территорий (ООПТ): заповедники, национальные парки (НП), заказники, памятники природы (ПП). Среди ООПТ особое место занимает Дарвинский государственный природный заповедник (1126 км. кв.), организованный 18 июля 1945 г. на территории Вологодской и Ярославской областей на берегах Рыбинского водохранилища для изучения изменения природных процессов под влиянием водохранилища. На Вологодскую область приходится площадь 451 км 20 марта 1992 года на территории Кирилловского района создан НП Русский Север (1664 км ) для сохранения уникальных природных систем и богатейшего историко-культурного наследия.
В области организован 81 природный заказник. Среди них имеются: геологический (Стрельна), 6 гидрологических (Шимозеро), 5 ботанических (Верховский), 12 зоологических (Ковжинский), 57 ландшафтных (Атлека, Верхне-Андомский) заказников.
В регионе насчитывается 79 ПП. Из них 18 геологических (Андомская гора), 5 гидрологических (Озеро Большое), 32 ботанических (Северные орхидеи), 24 ландшафтных (Пятницкий бор). Андомская гора – ПП федерального значения. Он расположен на берегу оз. Онежского. Здесь обнажаются породы девонской системы – самые древние на территории Вологодской области.
В области имеются примечательные природные объекты (ПО), нуждающиеся в охране. Это литосферные (обнажения цветных глин на р. Сароже), гидросферные (карстовый ручей Немецкий, живписное озеро Немецкое), геосферные (болото Зимнее, Узкий Мох), геосферно-антропосферные (район Георгиевской церкви) ПО, находящиеся в урочище Слобода (бассейн р. Андома) (Ермолин, Соболев, 2000).
Группой ученых Карельского филиала РАН было предложено создание на стыке Вологодской, Архангельской областей и Республики Карелия НП Великий Андомский водораздел, что поддерживают и авторы этой работы. Основой его могут послужить заказники: Верхне-Андомский, Сойдозерский, Атлека. В июне 2000 года в район планируемого НП выезжали участники российско-финляндской комиссии по сотрудничеству в области охраны окружающей среды.
Таким образом, сеть ООПТ области нуждается в дальнейшем формировании и расширении с учётом комплексного физико-географического подхода.