Самый крупный уникальный водоем нашего края – Онежское озеро, или Онего, как его называют.
Кроме этого крупного озера в районе находится множество разнотипных по условиям и разнообразных по размерам малых озер.
Наиболее крупные из них – Ковжское (площадь водного зеркала 62,5 кв. км.), Мегорское (41,1 кв. км.), Куштозеро (17 кв. км), Кемское (14,5 кв. км.), Тудозеро (112,3 кв. км.), Великое (10,9 кв. км.), Шимозеро (7,9 кв. км.), Качозеро (5,2 кв км.) и Кедринское (5,2 кв. км.).
Онежское озеро – второй по величине после Ладожского пресноводный водоем в Европе. Одно из великих озер мира, оно расположено на путях соединения четырех морей – Балтийского, Белого, Каспийского и Черного.
Общая площадь Онежского озера 9890 кв. км., средняя глубина 30 м, наибольшая – 120 м. В пределах Вологодской области находится только юго-восточное побережье Онежского озера.
Форма Онежского озера отличается вытянутостью в меридианальном направлении, его наибольшая длина 290 км, а ширина 82 км. Озеро существовало в доледниковый период. Имеет ледниково-тектоническое происхождение.
Юго-восточное побережье отличается плавной, слабо расчлененной береговой линией. Берега плоские, сложенные алевролитами и песчаниками, часто заболочены. Островов мало. Рельеф дна ровный, глубина не превышает 50 м, характерно широкое развитие мощной толщи озерно-ледниковых и озерных отложений. На отдельных участках встречаются каменные луды и илы.
Онежское озеро – глубоководный водоем умеренных широт, где летом четко выражена температурная стратификация, то есть послойное распределение температуры по всей толще воды.
Непродолжительное время (до 2 месяцев) вода прогревается до глубины 20 м на 12-15 градусов. Максимальная температура поверхности воды в июле-августе в редкие годы превышает 22 градуса, в исключительных случаях 25 градусов. Воды, находящиеся на глубине ниже 30-40 м лишь в сентябре прогреваются до 6 8 градусов, в более глубоких слоях – до 5-6 градусов. Весной и осенью происходит интенсивное перемешивание воды от поверхности до дна. Онежская вода характеризуется уникальными природными качествами: высокой прозрачностью, чистотой, мягкостью. Вода мало окрашена, низкоминерализована, бедна биогенами, особенно минеральными – азотом и фосфором, хорошо насыщена кислородом. Но в результате многостороннего комплексного использования озера эти свойства сохранились лишь в центральной глубоководной части, а в заливах, губах и на юге акватории качество воды за последние 20 лет значительно ухудшилось.
Ковжское озеро – самый крупный водоем среди всех «малых» озер области. Котловина озера распадается на несколько более или менее обособленных плесов. Берега озера преимущественно пологие, каменистые, местами песчаные и заболоченные. Дно ложбинное с ямами, в прибрежной части песчано-каменистое, с глубины 2-2,5 м покрыто серым или оливкового цвета илом. На глубине 16 м встречаются гороховидной или бобовидной формы железомарганцевые конкреции, a у северо-западного берега – пороховидная руда.
В озеро впадают несколько небольших рек и ручьев, а вытекает р. Ковжа, перегороженная двумя плотинами. Благодаря стоку с болот, вода в озере довольно сильно гумифицирована. Зарастание озера незначительно. Цветение воды наблюдается ежегодно и вызывается сине-зелеными водорослями.
Ковжское озеро – промысловый водоем. В нем обитают ряпушка, судак, язь, лещ, плотва, налим, ерш, щука, окунь.
Озеро Мегорское представляет собой целую систему озеро-заливов (Кедринское, Кобылье, Чагозеро), соединенных между собой и Онежским озером проливами и искусственными каналами-копанями. Большая часть береговой полосы занята осоковыми болотами, местами к озеру подступают песчаные дюны. Округлая форма котловины сочетается с ровным, почти плоским дном, покрытым илистыми отложениями мощностью до 1,5 м. Встречаются участки торфянистого грунта. Через Чагозеро оно принимает воды р. Мегры, а с западной стороны в него впадает р. Нормекса. Копанью соединено с Онежским озером.
Будучи мелководным, озеро интенсивно зарастает в прибрежной части камышом, тростником, хвощом, осокой, а в более глубоких местах – рдестами, кубышкой и др. Приток болотных вод придает озерной воде коричневый оттенок. Прозрачность – чуть больше метра.
Кемозеро – это мелководный водоем с низкими, преимущественно песчаными берегами и елово-сосновыми лесами на них. В озеро впадает р. Сойда и несколько ручьев, начинается из него р. Кема. На озере 9 островов, имеющих собственные названия, общей площадью около 30 га. Самый крупный из них – о. Б. Негиш. Глубины в озере редко превышают 1 м. Оно интенсивно зарастает камышом, тростником, хвощом, кувшинками, ежеголовником, рдестами, элодеей.
Дно озера ровное, илистое, вблизи островов и в истоке р. Кемы песчаное. Вода в озере прозрачна на глубину до 1 м. Ежегодно летом наблюдается цветение воды.
Из рыб в озере обычны лещ, щука, плотва, окунь, ерш, налим, встречаются язь и красноперка.
Озеро Великое расположено вблизи устьевой части р. Вытегры Форма котловины несколько вытянута с юго-запада на юго-восток. От Онежского озера отделено узкой полосой суши, поросшей сосновым лесом. Дно чистое, почти плоское, с глубинами до 2 м. Грунт топкий, глинистый. В озеро впадает р. Игниса шириною в устье до 12 м. Прозрачность воды до 1 м, цвет коричневый.
Тудозеро под острым углом к берегу Онежского озера тянется на юго-восток. При максимальной ширине 2,2 км длина его достигает 10км, так что коэффициент удлиненности является одним из самых больших – 8,3. Такая форма и положение относительно берегов Онеги, рельеф дна в виде вытянутой борозды говорят в пользу иного происхождения котловины, сравнительно с остальными озерами группы. Полагают, что долина р. Вытегры находилась в прошлом восточнее современной. Позже она была унаследована Тудозером. Берега озера покатые или даже крутые, местами обрывистые. Дно почти всюду сложено песком, плотной глиной. Озеро принимает реки Устеленгу, Водлицу, Илексу и др. В Тудозере обитают речные раки, судак, красноперка, густера, окунь, щука, плотва, ерш, язь, лещ, налим. Изредка появляются заходящие форель и хариус.
Кроме озер ледникового и ледниково-тектонического происхождения в районе широко распространены карстовые озера.
Куштозеро. Коренные берега котловины пологие и крутые. Подножия склонов окаймляются полосой песчаного пляжа с сухостойным мелколесьем, что свидетельствует о колебаниях воды в озере. Форма котловины трапециевидная с лопастным расчленением. Дно котловины твердое, песчаное и глинистое, без гальки. Лишь в более глубоких местах имеется небольшой (10-20 см) слой ила. На озере насчитывается семь островов обшей площадью около 4 га. В северо-восточной части озера имеется залив, примечательный тем, что на дне его центральной части находится карстовая воронка. Глубины здесь редко возрастают с 2-3 до 9-10 м. Наибольшая измеренная глубина достигает 11 м, а по сведениям Г. И. Куликовского (1894) – более 20 м. На дне и склонах воронки имеются поглощающие отверстия – поноры, через которые вода периодически уходит из озера. Это чаще всего происходит в середине или в конце зимы. Вместе с водой уходит и большая часть рыбы. На дне исчезнувшего озера начинает расти трава, и спустя год здесь образуются сенокосные угодья. Однако, через 2-3 года вода снова появляется через отверстие в воронке, постепенно заполняя котловину. Восстанавливается и ихтиофауна, хотя и не всегда в прежнем составе.
Озеро принимает несколько небольших рек (Илекса, Райручей и др.), но ни одного наземного истока из него нет. Прозрачность воды 1.8 м, цвет зеленовато-желтый. Озеро интенсивно зарастает тростником. Из растений распространены кувшинка чистобелая и гречиха земноводная. Ихтиофауна представлена 6 видами. Наиболее многочисленные – окунь, плотва и ерш. Обычным видом является щука, редкими – налим и язь.
Шимозеро по существу состоит из двух различных озер, соединенных проливом.
В одном из них, собственно Шимозере, глубина около 4 м, а в ямах доходит до 10-12 м; в другом, называемом Пюгкозером, она немногим более 2 м, дно ровное. Из Пюгкозера берет начало ручей, имеющий длину около 1 километра и заканчивающийся округлой воронкой просасывания с поглощающим отверстием на дне. Эту воронку называют Черной ямой. По сведениям Г. Н. Куликовского (1894), глубина Черной ямы доходила до 20 сажень (42 м). В Черную яму происходит сток не только из Шимозера, но и из всей системы связанных с ним озер, занимающих площадь более 100 км2. Летнее положение уровня воды в Шимозере совпадает с активной вегетацией водных растений, и мелкие заливы покрываются осокой, тростником, ситняком.
Короткой речкой Кудомой Шимозеро соединено с мелководным, глубиною около 1 м, сплошь зарастающим Грязнозером, а тот ручьем соединяется с Долгозером. Оно действительно «долгое» – длина озера в 22 раза превышает среднюю ширину. Заключенная между крутыми берегами котловина озера представляет собой довольно глубокую ложбину с несколькими заливами в северной части и воронкообразной ямой. На дне ее находится отверстие – понор – через которое озеро периодические осушается, а вместе с ним и Грязнозеро. Чаще всего это бывает к концу зимы, и тогда лед ложится на дно.
Большинство озер соединены реками в так называемые озерно-речные системы.