Изучение донных сообществ водоемов представляет особый интерес с точки зрения диагностики состояния экосистем. Если организмы, составляющие сообщества фито- и зоопланктона, являются короткоживущими организмами, которые быстро реагируют на малейшее изменение среды обитания, то в состав зообентоса входят долгоживущие животные, возраст которых может достигать 7 – 8 лет. Эта особенность позволяет проводить долговременные исследования водоемов.
Донные организмы отличаются по способности переносить загрязнения среды. Большинство организмов зообентоса (личинки хирономид, олигохеты, ряд моллюсков) являются устойчивыми к неблагоприятному газовому режиму водоемов. Это связано, в первую очередь, с особенностями их обитания, в частности, приспособленности к дефициту кислорода в придонных слоях воды. Другие, наоборот, очень чувствительны к недостатку кислорода, это личинки ручейников, поденок, веснянок, стрекоз. В первую очередь, местами обитания этих видов являются проточные водоемы.
Фауна озер Северо-Запада в основном представлена тремя группами организмов – моллюсками, олигохетами и личинками хирономид. Наибольшее разнообразие бентосной фауны наблюдается в прибрежных зарослях, что связано с разнообразием мест обитания. С глубиной наблюдается снижение биоразнообразия. Это объясняется нарастанием монотонности условий существования и ухудшением газового режима.
С течением времени водоемы претерпевают изменения, что связано, в первую очередь, с нарастанием процесса эвтрофирования. Скорость этого процесса зависит от географического расположения водоема, климатических условий; от глубины, минерального состава почв и вод и т. д. В естественных условиях эвтрофирование в водоемах умеренных широт происходит в течение миллионов лет. Но в связи с возрастанием антропогенной нагрузки этот процесс ускоряется во много раз. В результате водоемы мелеют, в них происходит сокращение видового состава организмов, в основном за счет выпадения групп оксифильных животных. Одновременно наблюдаются вспышки численности отдельных организмов, резко возрастает продуктивность водоема за счет упрощения трофической структуры, а также вовлечения все большего количества биогенных элементов в круговорот.
До 1970-х гг. зообентос оз. Кубенского почти не изучался. Имеются лишь отрывочные данные в работах И. С. Титенкова (1955), 3. И. Чирковой (1955) и Ф. Д. Мордухай-Болтовского (1971), где приводятся сведения о видовом составе и количественных показателях зообентоса в озере. Детальное исследование донной фауны оз. Кубенского проводилось в 1970-х гг. в связи с планировавшейся переброской северных рек. Всего в озере было отмечено 245 таксонов донных и фитофильных беспозвоночных. В июне – сентябре 2000 г. на оз. Кубенском были отобраны пробы зообентоса Исследования проводились на базе Вологодской лаборатории филиала ГосНИОРХа. Сбор и обработка проб зообентоса велись по стандартной методике. При этом пробы фиксируются 4%-м раствором формалина, промываются, определяется видовой состав организмов, выявляются виды-индикаторы, рассчитывается численность и биомасса. Биомасса отдельных групп определяется взвешиванием на торсионных весах.
Всего в пробах было встречено 38 видов бентосных организмов (табл. 1). Все представленные организмы являются типичными для Северо-Запада России и этого типа водоемов. Наиболее разнообразны были группы хирономид (15 видов) и моллюсков (14 видов). Среди хирономид чаще других встречались представители pp. Chironomus и Procladius, среди моллюсков роды Bithnya, Pisidium и Sphaerium, олигохеты в основном были представлены семейством Tubificidae. Пробы отличались неоднородностью. Преобладание тех или иных видов животных на дне водоема зависит от разных факторов, в первую очередь от содержания кислорода в воде и от распространения различных типов грунтов, а также динамики водных масс.