На левом берегу реки Вологды у Никольской набережной (набережная VIАрмии) располагалась пароходная пристань Варакина, от нее с 1865 года пароходы ходили до Тотьмы.

У правого берега реки располагались Нижние пристани, прежде всего пристань Северного пароходного общества, самая большая в Вологде. Отсюда с 1884 года пароходы ходили к Великому Устюгу, в Архангельск. В советское время здесь располагался речной вокзал, далее по течению реки – речной порт. Судоходное пассажирское и грузовое сообщение было очень развито, ходили теплоходы в Кириллов, Великий Устюг (только в полноводье), по Кубенскому озеру и в Белозерск. Каждую весну отправлялись целые речные караваны, которыми доставлялись грузы в некоторые районы Вологодской области на целый год.

Рядом с пристанью Северного речного общества располагались пристани Никуличева, Ганичева и других владельцев, отсюда ходили пароходы до Кириллова и Устья Кубенского.

В 1910-х годах на барже, расположенной у Красного моста, появился плавучий кинотеатр. Периодически баржу прицепляли к пароходу и отправляли по деревням, расположенным по рекам Вологде, Сухоне и Кубенскому озеру.