Церковь находится на Пречистенской набережной между Красным мостом и мостом 800-летия Вологды. Само название Пречистенской набережной происходит от названия церкви: «богородица» - «пречистая».

По некоторым данным, церковь построена на месте деревянной в конце XVIIIвека.

В советское время здесь располагались последовательно производство зеркал, база управления по транспортному освоению рек, ремонтно-механическая мастерская хлебопекарной промышленности.