Небольшой деревянный дом, построенный в конце XIX– начале ХХ века, на протяжении нескольких десятилетий ХХ века играл очень важную роль в просвещении вологжан и гостей города. В обязательном порядке сюда приходили все школьники, студенты, все организованные экскурсии.

В этом доме в течение полутора месяцев в 1912-1913 годах, во время своей вологодской ссылки, снимал комнату Сталин, тогда еще Иосиф Джугашвили, довольно известный революционер-большевик.

Сталин занимал маленькую комнату за кухней, на втором этаже с единственным оконцем во двор, и платил за нее 3 рубля в месяц.

Музей открылся в 1937 году. В мемориальной комнате была воссоздана примерная ее обстановка. На первом этаже размещались документы той эпохи, книги, картины, некоторые предметы, дающие представление о революционной деятельности большевиков в Вологде, среди них макет подпольной типографии.

После ХХ съезда КПСС, на антисталинской волне, дом-музей И.В.Сталина был переименован в музей революционной деятельности большевиков в вологодской ссылке. Музей сосредоточил большое количество документов, фотографий, экспонатов из бывшей пересыльной тюрьмы (каторжного централа), освещавших жизнь и деятельность нескольких поколений политических ссыльных в Вологодской губернии. В 1967 году экспозиции были переведены в дом-музей М.И.Ульяновой, а в «домике Сталина» разместилось Вологодское городское общество охраны памятников истории и культуры. В 1990-е году к обществу присоединилась Международная ассоциация содействия культуре.

В 2006 году, после реставрации, здесь вновь заработал музей «Вологодская ссылка».