Комплекс церквей Дмитрия Прилуцкого расположен на довольно низком наносном берегу реки Вологды, ранее обычно затопляемом в половодье, такой берег издревле назывался «наволок». Сооружение рядом двух храмов - холодного, предназначенного для службы в летние месяцы, и теплого (зимнего), действующего круглый год, типично для Русского Севера.

Появление холодного храма местное предание связывает с пребыванием в конце XIVвека в пределах Вологды Дмитрия Прилуцкого, основателя Спасо-Прилуцкого монастыря. После причисления Дмитрия к лику святых хозяин дома, в котором он, по преданию, останавливался, основал неподалеку в честь преподобного часовню, на месте которой впоследствии вырос деревянный, а затем каменный храм.

В 1926 году храм перестал быть действующим. В советское время здесь располагался военный склад. Сейчас здесь – действующий филиал Спасо-Прилуцкого монастыря.