Здание, в котором располагаются ректорат и некоторые факультеты Вологодского государственного педагогического университета, представляет собой образец строений, предназначенных для государственных учреждений Российской империи. Свою историю оно ведет с 1861 года, когда власти после череды пожаров в административных учреждениях решили перевести губернские присутственные места в новое здание. Проект постройки здания принадлежал подполковнику и инженеру-строителю Михаилу Александровичу Зубову, происходившему из известной вологодской дворянской семьи Зубовых.

С 1918 года здесь были организованы и размещены губнаробраз, губземотдел, губфо, губРКИ, гублесотдел, губстатуправление, губполитпросвет. В этом же здании размещался рабфак.

Прообразом нынешнего педагогического университета являлся учительский институт, который был создан в 1912 году и размещался в других зданиях. Здание присутственных мест, называвшееся тогда Третьим домом Советов, было передано вузу после упразднения в 1929 году Вологодской губернии. С 1930 года в структуру Северного краевого педагогического института входили Вологодский учительский институт, педагогический техникум, педагогический рабфак.  Какое-то время институт носил имя В.М.Молотова.

В 1957 году на крыше здания была надстроена площадка для наблюдения за первыми советскими искусственными спутниками Земли.

В 1993 году педагогический институт получил статус педагогического университета.