Внутри крепостных стен вологодского кремля располагались здания архиерейского подворья. Направо от въездных ворот стоит каменное двухэтажное здание, казенный приказ, построенное в 1659 году и впоследствии получившее название экономского корпуса. От архитектуры этого сооружения веет седой стариной. В нижнем его этаже помещались погреба и ледники со съестными и питьевыми припасами архиерея, во втором – казенные кельи, а ценности и важные документы хранились в мезонине с двумя узкими окнами.

В XVII веке построен Симоновский корпус архиерейского дома с крытой галереей, по которой архиерей мог спускаться прямо к крыльцу Софийского собора. В просторной и нарядной Крестовой палате корпуса вологодское духовенство отмечало важные события в истории государства, принимало важных гостей. Неоднократно обедал здесь и Петр I.  По соседству с палатой проживал в своих покоях  и сам архиерей, и его приближенные.

Против экономского корпуса расположено похожее на дворец трехэтажное здание – Иосифовский корпус. Архитектура его выдержана в смешанном стиле елизаветинского и московского барокко. На фризе главного фасада, обращенного внутрь двора, указана дата постройки: 1764-1769 годы. Внутренние палаты тоже нарядно отделаны. До наших дней сохранились лепные потолки, кафельные печи с живописными изображениями жанровых сцен.

На территории кремля находится ряд других корпусов и церквей XVII-XVIII веков, объединенных между собой, по древней традиции, переходами по стенам и галереям.

В зданиях бывшего архиерейского двора разместился областной художественно-архитектурный исторический музей-заповедник. Он был создан в 1923 году на основе Епархиального древлехранилища, которое, в свою очередь, было открыто в 1896 году в помещении упраздненной надвратной церкви архиерейского двора, а также музея родиноведения, созданного в 1911 году при Вологодском обществе Северного края из переданных ему в дар естественнонаучных, сельскохозяйственных, этнографических коллекций.

В залах Иосифовского корпуса проходят церемонии награждения, официальные приемы.