Здание подворья Кирилло-Белозерского монастыря на набережной реки Вологды было построено в XVIIвеке. С 1791 года в нем находились присутственные места – сначала Вологодского наместничества, затем – губернии. В 1798 году сюда из архиерейского подворья переместилась духовная семинария, готовившая духовенство для приходов Вологодской епархии. В XIXвеке семинария стала крупнейшим учебным заведением на Европейском Севере России. Образование было бесплатным, учились в семинарии в основном дети вологодского духовенства. Семинарское образование было довольно основательным, преподавались как богословские дисциплины, так и общеобразовательные предметы (греческий, церковнославянский, латинский, древнееврейский, немецкий, французский языки, география, арифметика, алгебра, литература, история и др.).

Особенностью Вологодской духовной семинарии стало преподавание зырянского языка. Вологда являлась центром обширнейшей территории, на которой проживали представители финско-зырянских народностей. Власти постоянно пытались привлечь это население к полноценной общественной жизни, и важными проводниками этой политики были священнослужители.

Многие семинаристы, обладавшие живым умом, стремились участвовать в общественной жизни страны, читать запрещенные во второй половине XIX– начале ХХ века книги и журналы, посещали заседания нелегальных кружков и пытались разговаривать об этом с товарищами. Бывали случаи обысков у учащихся, но виновники оставались, как правило, прощены своими преподавателями.

Воспитанники Вологодской духовной семинарии считались людьми с полноценным образованием, а потому могли проявить себя на различном поприще. Семинария за время своего существования подготовила сотни священников и учителей различных учебных заведений, находившихся в ведении православной церкви. Выпускники проявили себя на ниве церковного служения и просвещения, народного образования, науки, культуры и краеведения.

В 1917 году здание духовной семинариибыло национализировано. В 1918 году здесь был организован Пролетарский университет, положивший начало подготовке руководящих кадров для народного хозяйства области из рабочих и крестьян. Позже Пролетарский университет был преобразован в рабочий факультет Вологодского молочно-хозяйственного института. В этом же здании  в 1918-1923 годах размещался Вологодский педагогический институт, учрежденный на базе двухгодичного учительского института, открытого в Вологде в 1912 году. В 1919 году он стал называться Институтом народного образования, а в 1923 – реорганизован и превращен в педагогический техникум. В этом же здании размещался и ветеринарный техникум.

С 1937 года, когда Вологда стала областным центром, в здании размещался областной Совет депутатов трудящихся и облисполком. В 1960-е годы к зданию было пристроено крыло. Сегодня здание принадлежит Вологодскому государственному техническому университету, а также некоторым государственным службам.