В летописях XVI столетия упоминается о мужском монастыре на левом берегу р. Вологды и церкви в нем в честь Иоанна Предтечи. Монастырь с прилегающей местностью носил имя - "Дюдикова пустынь". Летописи XVII столетия бесстрастно рассказывают, как в начале века монастырь был разорен шайкой бродячих поляков, братия расселилась по другим обителям, а в 1651 году "Дюдикова пустынь" грамотой царя Алексея Михайловича передана во владение городу и церковь Иоанна Предтечи обращена в приходскую. Два года спустя в 1653 г. деревянная церковь заменена каменной. Такая ранняя замена деревянной церкви каменною объясняется богатством Дюдиково-пустынского прихода, о чем свидетельствуют окладные книги Вологодского архиерейского дома XVII и XVIII в. Так, в 1690 году приход исчислялся в 100 дворов.
История, сохранив год возведение этой второй по древности церкви в Вологде, скрыла имя строителя. Архитектурный остов церкви в типе храмов XVI столетие: величавый, пятиглавый куб с тремя полукружиями закомар, барабаны глав убраны полукруглыми колонками, переходящими в арочный пояс. В полукружиях закомар поздняя живопись. Три абсиды покрыты общею крышею. С западной стороны к храму примыкает уютный, позднейшей кладки (конца XVII в.) пирамидальный шатер колокольни, переходящей в восьмерик, поставленный на четырехгранное основание. Рядом с колокольнею крылечко - из двух круглых дорических столбов, перекрытых четырехскатной крышей, на которую поставлен шлемообразный купол. Вход в церковь позднейший: он убран арочками с подвешенной тонкой гирькой, но обработка самого портала старинная: она состоит из гуртов и колонок. Общий силуэт храма живописен.
Пятиярусный иконостас хорошего стиля конца Х\/II столетия; узенькие пилястры и тяги его покрыты орнаментацею мелкого рисунка. Царские врата отделаны богаче, особенно колонки, увитые виноградной лозой. В обрамлении этих, деликатной резьбы, тябл и колонок - находятся, как вкрапленные драгоценные жемчужины, иконы, прекрасно расположенный "по пятнам". Внизу иконостаса большие образа, окруженные маленькими квадратиками, в которых изображены деяния святых, далее идет узкий ряд небольших "праздников", потом продолговатый ряд святителей - словом архитектоника иконостаса великолепна. Среди икон много старинных. Из них наиболее замечательны: 1) местный образ Вседержителя, на образе серебряный чеканный венец, жемчужное ожерелье с разноцветными камнями, серебряная кованая риза. Поля иконы покрыты золоченою басмою. Внизу изображены пр. Антонии и Феодосий печерские; подписи и венцы у святых серебряные. 2) храмовой образ св. Иоанна Предтечи, писанный, по преданию, препод. Дюнисием Глушицким. Вокруг изображения Предтечи-представлены деяния его жизни. Венец и риза на угоднике, надписи и венчики у иконы серебряные, позолоченые. 3) образ "Сошествие Спасителя во ад", отличающийся оригинальным толкованием сюжета. 4) образ Владимирской Божией Матери, направо от иконостаса, огромная икона XVI века с богатой басменною обработкою лишь венцов и чепца. Ни фаты, ни короны, ни ризы - этих позднейших признаков иконного убранства здесь нет: лишь звезда приколота к левому плечу Богоматери и таинственно сияет.
Надо еще отметить из образов хороший триптих, помещенный с западной стороны над входными дверями и изображающий Богородицу, Спасителя и Иоанна Крестителя. Обделанный в ризу из басмы, триптих не закрыт окладом. По углам квадратов хорошие круглые шляпки гвоздей. Стиль триптиха указывает на конец XVI столетия. Среди утвари храма надо отметить св. потир, при нем дискос, звездица, две тарелочки и лжица. Изображения на потире резные в глубь и на поддоне подпись, что потир сделан, "тщанием и радением" еп. Павла в 1722 году.
В храме хороший старинный пол из каменных плит: это редкий остаток старины - почти повсюду в свое время (особенно в Николаевскую эпоху) каменные плиты заменены были чугунными (а в нынешнее безвкусное время чугунные плиты заменяют Метлахскими плитками).
Теплая церковь во имя Знамения Пресв. Богородицы в той же "пустыни" строена в середине XVIII столетия Вологодским воеводой Феодором Даниловичем Развариным, на что указывает письмо еп. Пимена, хранящееся в церкви. Дата письма 1749 год. В храме богатый иконостас с многими иконами XVII и нач. XVIII веков.
В общем церковь Иоанна Предтечи, расположенная на окраине города, неподалеку от берега реки Вологды занимает довольно живописное положение и является одним из привлекательных памятников архитектуры Вологды. Интерес к ее художественному значению увеличивается особенно благодаря тому, что в храме находится много древнейших и прекрасных по письму и краскам икон, более древних даже, чем самый храм.