Эта церковь принадлежит к старейшим по времени построения церквам города Вологды. В окладной книге преосвящ. Гавриила Архиепископа Вологодского и Белоезерского, относящейся к 1691 году, упоминается храм Николая Чудотворца в Мироносицкой трети. Храм этот назван каменным, и по некоторым замечаниям автора книги можно судить, что возведете его относится к 1669 году, с чем соглашаются и все другие источники.
Церковь св. Николая во Владычной слобод представляет собою очень высокий куб, увенчанный пятью, тесно и красиво по композиции поставленными, куполами. Хороши формы блестящих, упругих, луковичных глав, барабаны убраны, как и в Иоанновской церкви в Дюдиковой пустыни, арочным поясом, поддерживающимся колонками, перехваченными по середине гирьками. В закомарах (плоских и неудачной формы) - живопись, не имеющая интереса.
Вместо обычных пилястр на их месте - сгруппированные колонки (по три на местах средних пилястр и по две на угловых). Во втором (снизу) этаже эти пилястры переходят в ряд квадратных углублений, ниже - полуцокольный этаж. К сожалению, пристройки с двух сторон не влияя на стройность храма, лишают его общего приятного силуэта, а колокольня храма, связывающаяся с одной из этих пристроек также теряет не мало от этого. Вообще, колокольня церкви, позднейшего времени, не вполне отвечает характеру и массам храма. Она в типе очень распространенном в северо-восточном крае в первую половину XVIII века. Такого же типа увидим в Вологде другие колокольни.
Внутренность церкви св. Николая представляет собой интерес барочною отделкою. Здесь своды арки покрыты лепкою хорошей работы. Иконостас, едва ли не лучший в Вологде, в этом же стиле - но не совсем барокко, а переходный к стилю эпохи Людовика XVI. Здесь можно наблюдать очаровательный общий прием барочных иконостасов с поставленными на пьедестал иконостаса фигурами ангелов, держащих в руках рипиды. Царские врата - вполне барочного характера - заключают богатую композицию из построек, составляющих самые створки и фигуры у подножия их. - Прелестные колонны, каннелированные в верхней части, и гирлянды, подвешенные к низу этой каннелированной части, типичные для стиля Людовика XVI карнизы - но несколько более барочные обрамления икон и снова фигуры, молящихся перед распятием, ангелов (на втором ярусе) и такие же вверху иконостаса - все это составляет очаровательную и единственную в своем роде обработку. На столбах церкви также богатая орнаментальная лепка, а затем иконы и киоты, обработанные богато разными аттрибутами, среди которых помещены фигуры ангелов-херувимов.
Иконостас очень красив и по стилю и по выполнению. Отделкою напоминает иконостас Андреевской церкви в Kиеве, и приходится пожалеть, что живопись в нем (во 2 ярусе и в медальонах) в таком печальном состоянии, а написанная в клеймах на столбах и сводах совсем новая и нехорошей работы.
В иконостасе несколько интересных икон, покрытых однако позднейшею басмою и иными окладными ризами.
Из предметов внутреннего убранства церкви интересны те, которые составляют дары Строгановых.