С конца XVII века Ферапонтов монастырь находился на грани полного
разорения. В 1798 году его упразднили, а церкви сделали приходскими. В
XVIII и XIX веках древние монастырские здания подвергались перестрой
кам, многие из них сломали. В 1857 году вместо деревянных монастыр
ских стен их обнесли невысокой оградой, частично сохранившейся до
сего времени.
В начале нашего века, в связи с 500-летием со времени основания,
монастырь вновь ненадолго открыли, но уже как женский. При подготов
ке к открытию начали новую перестройку, приостановленную вмешатель
ством Императорской археологической комиссии. Тогда же внимание уче
ных привлекли замечательные росписи Рождественского собора, которым
была посвящена вышедшая в 1911 году монография В. Т. Георгиевского.
В 1908—1915 годах в монастыре проводились значительные восстанови
тельные работы, завершенные уже в 1920-е годы. Реставрационное иссле
дование было начато выдающимися знатоками древнерусского зодчества
П. П. Покрышкиным и К. К. Романовым, непосредственно руководил
работами А. Г. Вальтер, а позднее В. В. Данилов. Особое внимание было
уделено фрескам Рождественского собора, которые частично укрепили.
После этого реставрационные работы надолго прекратились и были во
зобновлены только в 1970-е годы.
В Ферапонтовом монастыре долгое время существовал филиал Кирил
ловского музея, сейчас здесь находится музей фресок Дионисия.